mirror of https://github.com/lammps/lammps.git
git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@10881 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa
This commit is contained in:
sjplimp
parent
981c8b933c
commit
a8ef38ce7d
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@ -49,5 +49,4 @@ pair_style list, Axel Kohlmeyer (Temple U), akohlmey at gmail.com, 1 Jun 13
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pair_style lj/sf, Laurent Joly (U Lyon), ljoly.ulyon at gmail.com, 8 Aug 11
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pair_style lj/sf, Laurent Joly (U Lyon), ljoly.ulyon at gmail.com, 8 Aug 11
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||||||
pair_style meam/spline, Alexander Stukowski (LLNL), alex at stukowski.com, 1 Feb 12
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pair_style meam/spline, Alexander Stukowski (LLNL), alex at stukowski.com, 1 Feb 12
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pair_style meam/sw/spline, Robert Rudd (LLNL), robert.rudd at llnl.gov, 1 Oct 12
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pair_style meam/sw/spline, Robert Rudd (LLNL), robert.rudd at llnl.gov, 1 Oct 12
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pair_style nb3b/harmonic, Todd R. Zeitler, todd.zeitler at gmail.com, 6 Apr 13
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||||||
pair_style tersoff/table, Luca Ferraro, luca.ferraro@caspur.it, 1 Dec 11
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pair_style tersoff/table, Luca Ferraro, luca.ferraro@caspur.it, 1 Dec 11
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@ -1,532 +0,0 @@
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/* ----------------------------------------------------------------------
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LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
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http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
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Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
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Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
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DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
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certain rights in this software. This software is distributed under
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the GNU General Public License.
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See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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------------------------------------------------------------------------- */
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/* ----------------------------------------------------------------------
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Contributing author: Todd R. Zeitler (SNL)
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(based on Stillinger-Weber pair style)
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------------------------------------------------------------------------- */
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#include "math.h"
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#include "stdio.h"
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#include "stdlib.h"
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#include "string.h"
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#include "pair_nb3b_harmonic.h"
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#include "atom.h"
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#include "neighbor.h"
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||||||
#include "neigh_request.h"
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||||||
#include "force.h"
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||||||
#include "comm.h"
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||||||
#include "memory.h"
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||||||
#include "neighbor.h"
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||||||
#include "neigh_list.h"
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||||||
#include "memory.h"
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||||||
#include "error.h"
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||||||
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||||||
using namespace LAMMPS_NS;
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#define MAXLINE 1024
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#define DELTA 4
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#define SMALL 0.001
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||||||
#define PI 3.141592653589793238462643383279
|
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||||||
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||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
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||||||
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||||||
PairNb3bHarmonic::PairNb3bHarmonic(LAMMPS *lmp) : Pair(lmp)
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||||||
{
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single_enable = 0;
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||||||
one_coeff = 1;
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manybody_flag = 1;
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||||||
nelements = 0;
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||||||
elements = NULL;
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||||||
nparams = maxparam = 0;
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||||||
params = NULL;
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||||||
elem2param = NULL;
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||||||
}
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||||||
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||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
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|
||||||
check if allocated, since class can be destructed when incomplete
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||||||
------------------------------------------------------------------------- */
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||||||
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||||||
PairNb3bHarmonic::~PairNb3bHarmonic()
|
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||||||
{
|
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||||||
if (elements)
|
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||||||
for (int i = 0; i < nelements; i++) delete [] elements[i];
|
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||||||
delete [] elements;
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||||||
memory->destroy(params);
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||||||
memory->destroy(elem2param);
|
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||||||
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||||||
if (allocated) {
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||||||
memory->destroy(setflag);
|
|
||||||
memory->destroy(cutsq);
|
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||||||
delete [] map;
|
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||||||
}
|
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||||||
}
|
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||||||
|
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||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
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||||||
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||||||
void PairNb3bHarmonic::compute(int eflag, int vflag)
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||||||
{
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||||||
int i,j,k,ii,jj,kk,inum,jnum,jnumm1,itag,jtag;
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||||||
int itype,jtype,ktype,ijparam,ikparam,ijkparam;
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|
||||||
double xtmp,ytmp,ztmp,delx,dely,delz,evdwl,fpair;
|
|
||||||
double rsq,rsq1,rsq2;
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|
||||||
double delr1[3],delr2[3],fj[3],fk[3];
|
|
||||||
int *ilist,*jlist,*numneigh,**firstneigh;
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||||||
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||||||
evdwl = 0.0;
|
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||||||
if (eflag || vflag) ev_setup(eflag,vflag);
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||||||
else evflag = vflag_fdotr = 0;
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||||||
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||||||
double **x = atom->x;
|
|
||||||
double **f = atom->f;
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||||||
int *tag = atom->tag;
|
|
||||||
int *type = atom->type;
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||||||
int nlocal = atom->nlocal;
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||||||
int newton_pair = force->newton_pair;
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||||||
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||||||
inum = list->inum;
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|
||||||
ilist = list->ilist;
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|
||||||
numneigh = list->numneigh;
|
|
||||||
firstneigh = list->firstneigh;
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||||||
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||||||
// loop over full neighbor list of my atoms
|
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||||||
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||||||
for (ii = 0; ii < inum; ii++) {
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||||||
i = ilist[ii];
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|
||||||
itag = tag[i];
|
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||||||
itype = map[type[i]];
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||||||
xtmp = x[i][0];
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||||||
ytmp = x[i][1];
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||||||
ztmp = x[i][2];
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||||||
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||||||
// two-body interactions, skip half of them
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||||||
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||||||
jlist = firstneigh[i];
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||||||
jnum = numneigh[i];
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||||||
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||||||
for (jj = 0; jj < jnum; jj++) {
|
|
||||||
j = jlist[jj];
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||||||
j &= NEIGHMASK;
|
|
||||||
jtag = tag[j];
|
|
||||||
|
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||||||
if (itag > jtag) {
|
|
||||||
if ((itag+jtag) % 2 == 0) continue;
|
|
||||||
} else if (itag < jtag) {
|
|
||||||
if ((itag+jtag) % 2 == 1) continue;
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
if (x[j][2] < ztmp) continue;
|
|
||||||
if (x[j][2] == ztmp && x[j][1] < ytmp) continue;
|
|
||||||
if (x[j][2] == ztmp && x[j][1] == ytmp && x[j][0] < xtmp) continue;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
jtype = map[type[j]];
|
|
||||||
|
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||||||
delx = xtmp - x[j][0];
|
|
||||||
dely = ytmp - x[j][1];
|
|
||||||
delz = ztmp - x[j][2];
|
|
||||||
rsq = delx*delx + dely*dely + delz*delz;
|
|
||||||
|
|
||||||
ijparam = elem2param[itype][jtype][jtype];
|
|
||||||
if (rsq > params[ijparam].cutsq) continue;
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
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||||||
|
|
||||||
jnumm1 = jnum - 1;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (jj = 0; jj < jnumm1; jj++) {
|
|
||||||
j = jlist[jj];
|
|
||||||
j &= NEIGHMASK;
|
|
||||||
jtype = map[type[j]];
|
|
||||||
ijparam = elem2param[itype][jtype][jtype];
|
|
||||||
delr1[0] = x[j][0] - xtmp;
|
|
||||||
delr1[1] = x[j][1] - ytmp;
|
|
||||||
delr1[2] = x[j][2] - ztmp;
|
|
||||||
rsq1 = delr1[0]*delr1[0] + delr1[1]*delr1[1] + delr1[2]*delr1[2];
|
|
||||||
if (rsq1 > params[ijparam].cutsq) continue;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (kk = jj+1; kk < jnum; kk++) {
|
|
||||||
k = jlist[kk];
|
|
||||||
k &= NEIGHMASK;
|
|
||||||
ktype = map[type[k]];
|
|
||||||
ikparam = elem2param[itype][ktype][ktype];
|
|
||||||
ijkparam = elem2param[itype][jtype][ktype];
|
|
||||||
|
|
||||||
delr2[0] = x[k][0] - xtmp;
|
|
||||||
delr2[1] = x[k][1] - ytmp;
|
|
||||||
delr2[2] = x[k][2] - ztmp;
|
|
||||||
rsq2 = delr2[0]*delr2[0] + delr2[1]*delr2[1] + delr2[2]*delr2[2];
|
|
||||||
if (rsq2 > params[ikparam].cutsq) continue;
|
|
||||||
|
|
||||||
threebody(¶ms[ijparam],¶ms[ikparam],¶ms[ijkparam],
|
|
||||||
rsq1,rsq2,delr1,delr2,fj,fk,eflag,evdwl);
|
|
||||||
|
|
||||||
f[i][0] -= fj[0] + fk[0];
|
|
||||||
f[i][1] -= fj[1] + fk[1];
|
|
||||||
f[i][2] -= fj[2] + fk[2];
|
|
||||||
f[j][0] += fj[0];
|
|
||||||
f[j][1] += fj[1];
|
|
||||||
f[j][2] += fj[2];
|
|
||||||
f[k][0] += fk[0];
|
|
||||||
f[k][1] += fk[1];
|
|
||||||
f[k][2] += fk[2];
|
|
||||||
|
|
||||||
if (evflag) ev_tally3(i,j,k,evdwl,0.0,fj,fk,delr1,delr2);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (vflag_fdotr) virial_fdotr_compute();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void PairNb3bHarmonic::allocate()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
allocated = 1;
|
|
||||||
int n = atom->ntypes;
|
|
||||||
|
|
||||||
memory->create(setflag,n+1,n+1,"pair:setflag");
|
|
||||||
memory->create(cutsq,n+1,n+1,"pair:cutsq");
|
|
||||||
|
|
||||||
map = new int[n+1];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
global settings
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void PairNb3bHarmonic::settings(int narg, char **arg)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (narg != 0) error->all(FLERR,"Illegal pair_style command");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
set coeffs for one or more type pairs
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void PairNb3bHarmonic::coeff(int narg, char **arg)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
int i,j,n;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (!allocated) allocate();
|
|
||||||
|
|
||||||
if (narg != 3 + atom->ntypes)
|
|
||||||
error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
|
|
||||||
|
|
||||||
// insure I,J args are * *
|
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(arg[0],"*") != 0 || strcmp(arg[1],"*") != 0)
|
|
||||||
error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
|
|
||||||
|
|
||||||
// read args that map atom types to elements in potential file
|
|
||||||
// map[i] = which element the Ith atom type is, -1 if NULL
|
|
||||||
// nelements = # of unique elements
|
|
||||||
// elements = list of element names
|
|
||||||
|
|
||||||
if (elements) {
|
|
||||||
for (i = 0; i < nelements; i++) delete [] elements[i];
|
|
||||||
delete [] elements;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
elements = new char*[atom->ntypes];
|
|
||||||
for (i = 0; i < atom->ntypes; i++) elements[i] = NULL;
|
|
||||||
|
|
||||||
nelements = 0;
|
|
||||||
for (i = 3; i < narg; i++) {
|
|
||||||
if (strcmp(arg[i],"NULL") == 0) {
|
|
||||||
map[i-2] = -1;
|
|
||||||
continue;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
for (j = 0; j < nelements; j++)
|
|
||||||
if (strcmp(arg[i],elements[j]) == 0) break;
|
|
||||||
map[i-2] = j;
|
|
||||||
if (j == nelements) {
|
|
||||||
n = strlen(arg[i]) + 1;
|
|
||||||
elements[j] = new char[n];
|
|
||||||
strcpy(elements[j],arg[i]);
|
|
||||||
nelements++;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// read potential file and initialize potential parameters
|
|
||||||
|
|
||||||
read_file(arg[2]);
|
|
||||||
setup();
|
|
||||||
|
|
||||||
// clear setflag since coeff() called once with I,J = * *
|
|
||||||
|
|
||||||
n = atom->ntypes;
|
|
||||||
for (int i = 1; i <= n; i++)
|
|
||||||
for (int j = i; j <= n; j++)
|
|
||||||
setflag[i][j] = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
// set setflag i,j for type pairs where both are mapped to elements
|
|
||||||
|
|
||||||
int count = 0;
|
|
||||||
for (int i = 1; i <= n; i++)
|
|
||||||
for (int j = i; j <= n; j++)
|
|
||||||
if (map[i] >= 0 && map[j] >= 0) {
|
|
||||||
setflag[i][j] = 1;
|
|
||||||
count++;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (count == 0) error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
init specific to this pair style
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void PairNb3bHarmonic::init_style()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (atom->tag_enable == 0)
|
|
||||||
error->all(FLERR,"Pair style nb3b/harmonic requires atom IDs");
|
|
||||||
if (force->newton_pair == 0)
|
|
||||||
error->all(FLERR,"Pair style nb3b/harmonic requires newton pair on");
|
|
||||||
|
|
||||||
// need a full neighbor list
|
|
||||||
|
|
||||||
int irequest = neighbor->request(this);
|
|
||||||
neighbor->requests[irequest]->half = 0;
|
|
||||||
neighbor->requests[irequest]->full = 1;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
init for one type pair i,j and corresponding j,i
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
double PairNb3bHarmonic::init_one(int i, int j)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (setflag[i][j] == 0) error->all(FLERR,"All pair coeffs are not set");
|
|
||||||
|
|
||||||
return cutmax;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void PairNb3bHarmonic::read_file(char *file)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
int params_per_line = 6;
|
|
||||||
char **words = new char*[params_per_line+1];
|
|
||||||
|
|
||||||
memory->sfree(params);
|
|
||||||
params = NULL;
|
|
||||||
nparams = maxparam = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
// open file on proc 0
|
|
||||||
|
|
||||||
FILE *fp;
|
|
||||||
if (comm->me == 0) {
|
|
||||||
fp = open_potential(file);
|
|
||||||
if (fp == NULL) {
|
|
||||||
char str[128];
|
|
||||||
sprintf(str,"Cannot open nb3b/harmonic potential file %s",file);
|
|
||||||
error->one(FLERR,str);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// read each set of params from potential file
|
|
||||||
// one set of params can span multiple lines
|
|
||||||
// store params if all 3 element tags are in element list
|
|
||||||
|
|
||||||
int n,nwords,ielement,jelement,kelement;
|
|
||||||
char line[MAXLINE],*ptr;
|
|
||||||
int eof = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
while (1) {
|
|
||||||
if (comm->me == 0) {
|
|
||||||
ptr = fgets(line,MAXLINE,fp);
|
|
||||||
if (ptr == NULL) {
|
|
||||||
eof = 1;
|
|
||||||
fclose(fp);
|
|
||||||
} else n = strlen(line) + 1;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
MPI_Bcast(&eof,1,MPI_INT,0,world);
|
|
||||||
if (eof) break;
|
|
||||||
MPI_Bcast(&n,1,MPI_INT,0,world);
|
|
||||||
MPI_Bcast(line,n,MPI_CHAR,0,world);
|
|
||||||
|
|
||||||
// strip comment, skip line if blank
|
|
||||||
|
|
||||||
if (ptr = strchr(line,'#')) *ptr = '\0';
|
|
||||||
nwords = atom->count_words(line);
|
|
||||||
if (nwords == 0) continue;
|
|
||||||
|
|
||||||
// concatenate additional lines until have params_per_line words
|
|
||||||
|
|
||||||
while (nwords < params_per_line) {
|
|
||||||
n = strlen(line);
|
|
||||||
if (comm->me == 0) {
|
|
||||||
ptr = fgets(&line[n],MAXLINE-n,fp);
|
|
||||||
if (ptr == NULL) {
|
|
||||||
eof = 1;
|
|
||||||
fclose(fp);
|
|
||||||
} else n = strlen(line) + 1;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
MPI_Bcast(&eof,1,MPI_INT,0,world);
|
|
||||||
if (eof) break;
|
|
||||||
MPI_Bcast(&n,1,MPI_INT,0,world);
|
|
||||||
MPI_Bcast(line,n,MPI_CHAR,0,world);
|
|
||||||
if (ptr = strchr(line,'#')) *ptr = '\0';
|
|
||||||
nwords = atom->count_words(line);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (nwords != params_per_line)
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error->all(FLERR,"Incorrect format in nb3b/harmonic potential file");
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||||||
// words = ptrs to all words in line
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||||||
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||||||
nwords = 0;
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||||||
words[nwords++] = strtok(line," \t\n\r\f");
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||||||
while (words[nwords++] = strtok(NULL," \t\n\r\f")) continue;
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||||||
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||||||
// ielement,jelement,kelement = 1st args
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||||||
// if all 3 args are in element list, then parse this line
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||||||
// else skip to next entry in file
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||||||
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||||||
for (ielement = 0; ielement < nelements; ielement++)
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if (strcmp(words[0],elements[ielement]) == 0) break;
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||||||
if (ielement == nelements) continue;
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||||||
for (jelement = 0; jelement < nelements; jelement++)
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||||||
if (strcmp(words[1],elements[jelement]) == 0) break;
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||||||
if (jelement == nelements) continue;
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||||||
for (kelement = 0; kelement < nelements; kelement++)
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||||||
if (strcmp(words[2],elements[kelement]) == 0) break;
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||||||
if (kelement == nelements) continue;
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// load up parameter settings and error check their values
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if (nparams == maxparam) {
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maxparam += DELTA;
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params = (Param *) memory->srealloc(params,maxparam*sizeof(Param),
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"pair:params");
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}
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params[nparams].ielement = ielement;
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params[nparams].jelement = jelement;
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params[nparams].kelement = kelement;
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params[nparams].k_theta = atof(words[3]);
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params[nparams].theta0 = atof(words[4]);
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||||||
params[nparams].cutoff = atof(words[5]);
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||||||
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||||||
if (params[nparams].k_theta < 0.0 || params[nparams].theta0 < 0.0 ||
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||||||
params[nparams].cutoff < 0.0)
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||||||
error->all(FLERR,"Illegal nb3b/harmonic parameter");
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||||||
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nparams++;
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}
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delete [] words;
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}
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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void PairNb3bHarmonic::setup()
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{
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int i,j,k,m,n;
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double rtmp;
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// set elem2param for all triplet combinations
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// must be a single exact match to lines read from file
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// do not allow for ACB in place of ABC
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memory->destroy(elem2param);
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memory->create(elem2param,nelements,nelements,nelements,"pair:elem2param");
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||||||
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for (i = 0; i < nelements; i++)
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||||||
for (j = 0; j < nelements; j++)
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||||||
for (k = 0; k < nelements; k++) {
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||||||
n = -1;
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||||||
for (m = 0; m < nparams; m++) {
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||||||
if (i == params[m].ielement && j == params[m].jelement &&
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||||||
k == params[m].kelement) {
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if (n >= 0) error->all(FLERR,"Potential file has duplicate entry");
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n = m;
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}
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||||||
}
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||||||
// if (n < 0) error->all(FLERR,"Potential file is missing an entry");
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elem2param[i][j][k] = n;
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}
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// compute parameter values derived from inputs
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// set cutsq using shortcut to reduce neighbor list for accelerated
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// calculations. cut must remain unchanged as it is a potential parameter
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// (cut = a*sigma)
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for (m = 0; m < nparams; m++) {
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params[m].cut = params[m].cutoff;
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||||||
params[m].cutsq = params[m].cut * params[m].cut;
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||||||
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||||||
params[m].theta0 = params[m].theta0 / 180.0 * PI;
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}
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||||||
// set cutmax to max of all params
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cutmax = 0.0;
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||||||
for (m = 0; m < nparams; m++) {
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rtmp = sqrt(params[m].cutsq);
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||||||
if (rtmp > cutmax) cutmax = rtmp;
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}
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}
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||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
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void PairNb3bHarmonic::threebody(Param *paramij, Param *paramik,
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||||||
Param *paramijk,
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||||||
double rsq1, double rsq2,
|
|
||||||
double *delr1, double *delr2,
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||||||
double *fj, double *fk, int eflag, double &eng)
|
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||||||
{
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||||||
double dtheta,tk;
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||||||
double r1,r2,c,s,a,a11,a12,a22;
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||||||
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||||||
// angle (cos and sin)
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r1 = sqrt(rsq1);
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||||||
r2 = sqrt(rsq2);
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||||||
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||||||
c = delr1[0]*delr2[0] + delr1[1]*delr2[1] + delr1[2]*delr2[2];
|
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||||||
c /= r1*r2;
|
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||||||
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||||||
if (c > 1.0) c = 1.0;
|
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||||||
if (c < -1.0) c = -1.0;
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||||||
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||||||
s = sqrt(1.0 - c*c);
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||||||
if (s < SMALL) s = SMALL;
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s = 1.0/s;
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||||||
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||||||
// force & energy
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dtheta = acos(c) - paramijk->theta0;
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tk = paramijk->k_theta * dtheta;
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||||||
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if (eflag) eng = tk*dtheta;
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||||||
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||||||
a = -2.0 * tk * s;
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||||||
a11 = a*c / rsq1;
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||||||
a12 = -a / (r1*r2);
|
|
||||||
a22 = a*c / rsq2;
|
|
||||||
|
|
||||||
fj[0] = a11*delr1[0] + a12*delr2[0];
|
|
||||||
fj[1] = a11*delr1[1] + a12*delr2[1];
|
|
||||||
fj[2] = a11*delr1[2] + a12*delr2[2];
|
|
||||||
fk[0] = a22*delr2[0] + a12*delr1[0];
|
|
||||||
fk[1] = a22*delr2[1] + a12*delr1[1];
|
|
||||||
fk[2] = a22*delr2[2] + a12*delr1[2];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -1,64 +0,0 @@
|
||||||
/* --*- c++ -*- ---------------------------------------------------------
|
|
||||||
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
|
|
||||||
http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
|
|
||||||
Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
|
|
||||||
|
|
||||||
Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
|
|
||||||
DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
|
|
||||||
certain rights in this software. This software is distributed under
|
|
||||||
the GNU General Public License.
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|
||||||
|
|
||||||
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
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#ifdef PAIR_CLASS
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PairStyle(nb3b/harmonic,PairNb3bHarmonic)
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#else
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#ifndef LMP_PAIR_NB3B_HARMONIC_H
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#define LMP_PAIR_NB3B_HARMONIC_H
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#include "pair.h"
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namespace LAMMPS_NS {
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class PairNb3bHarmonic : public Pair {
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||||||
public:
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PairNb3bHarmonic(class LAMMPS *);
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||||||
virtual ~PairNb3bHarmonic();
|
|
||||||
virtual void compute(int, int);
|
|
||||||
void settings(int, char **);
|
|
||||||
void coeff(int, char **);
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||||||
double init_one(int, int);
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||||||
void init_style();
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protected:
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struct Param {
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double k_theta, theta0, cutoff;
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double cut,cutsq;
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||||||
int ielement,jelement,kelement;
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||||||
};
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||||||
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||||||
double cutmax; // max cutoff for all elements
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||||||
int nelements; // # of unique elements
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||||||
char **elements; // names of unique elements
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||||||
int ***elem2param; // mapping from element triplets to parameters
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|
||||||
int *map; // mapping from atom types to elements
|
|
||||||
int nparams; // # of stored parameter sets
|
|
||||||
int maxparam; // max # of parameter sets
|
|
||||||
Param *params; // parameter set for an I-J-K interaction
|
|
||||||
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||||||
void allocate();
|
|
||||||
void read_file(char *);
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||||||
void setup();
|
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||||||
void twobody(Param *, double, double &, int, double &);
|
|
||||||
void threebody(Param *, Param *, Param *, double, double, double *, double *,
|
|
||||||
double *, double *, int, double &);
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
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