forked from lijiext/lammps
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PSF
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6 !NTITLE
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REMARKS original generated structure x-plor psf file
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REMARKS 2 patches were applied to the molecule.
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REMARKS topology top_all22_prot.rtf
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REMARKS segment DAL { first NTER; last CTER; auto angles dihedrals }
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REMARKS defaultpatch NTER DAL:1
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REMARKS defaultpatch CTER DAL:10
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103 !NATOM
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1 DAL 1 ALA N NH3 -0.300000 14.0070 0
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2 DAL 1 ALA HT1 HC 0.330000 1.0080 0
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3 DAL 1 ALA HT2 HC 0.330000 1.0080 0
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4 DAL 1 ALA HT3 HC 0.330000 1.0080 0
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5 DAL 1 ALA CA CT1 0.210000 12.0110 0
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6 DAL 1 ALA HA HB 0.100000 1.0080 0
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7 DAL 1 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
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8 DAL 1 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
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9 DAL 1 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
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10 DAL 1 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
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11 DAL 1 ALA C C 0.510000 12.0110 0
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12 DAL 1 ALA O O -0.510000 15.9990 0
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13 DAL 2 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
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14 DAL 2 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
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15 DAL 2 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
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16 DAL 2 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
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17 DAL 2 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
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18 DAL 2 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
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19 DAL 2 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
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20 DAL 2 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
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21 DAL 2 ALA C C 0.510000 12.0110 0
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22 DAL 2 ALA O O -0.510000 15.9990 0
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23 DAL 3 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
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24 DAL 3 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
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25 DAL 3 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
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26 DAL 3 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
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27 DAL 3 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
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28 DAL 3 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
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29 DAL 3 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
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30 DAL 3 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
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31 DAL 3 ALA C C 0.510000 12.0110 0
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|
32 DAL 3 ALA O O -0.510000 15.9990 0
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33 DAL 4 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
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34 DAL 4 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
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35 DAL 4 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
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36 DAL 4 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
|
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37 DAL 4 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
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38 DAL 4 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
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39 DAL 4 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
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40 DAL 4 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
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41 DAL 4 ALA C C 0.510000 12.0110 0
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42 DAL 4 ALA O O -0.510000 15.9990 0
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43 DAL 5 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
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44 DAL 5 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
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45 DAL 5 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
|
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46 DAL 5 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
|
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47 DAL 5 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
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48 DAL 5 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
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49 DAL 5 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
|
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50 DAL 5 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
|
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51 DAL 5 ALA C C 0.510000 12.0110 0
|
|
52 DAL 5 ALA O O -0.510000 15.9990 0
|
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53 DAL 6 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
|
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54 DAL 6 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
|
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55 DAL 6 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
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56 DAL 6 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
|
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57 DAL 6 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
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58 DAL 6 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
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59 DAL 6 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
|
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60 DAL 6 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
|
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61 DAL 6 ALA C C 0.510000 12.0110 0
|
|
62 DAL 6 ALA O O -0.510000 15.9990 0
|
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63 DAL 7 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
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64 DAL 7 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
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65 DAL 7 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
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66 DAL 7 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
|
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67 DAL 7 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
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68 DAL 7 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
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69 DAL 7 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
|
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70 DAL 7 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
|
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71 DAL 7 ALA C C 0.510000 12.0110 0
|
|
72 DAL 7 ALA O O -0.510000 15.9990 0
|
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73 DAL 8 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
|
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74 DAL 8 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
|
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75 DAL 8 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
|
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76 DAL 8 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
|
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77 DAL 8 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
|
|
78 DAL 8 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
|
|
79 DAL 8 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
|
|
80 DAL 8 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
|
|
81 DAL 8 ALA C C 0.510000 12.0110 0
|
|
82 DAL 8 ALA O O -0.510000 15.9990 0
|
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83 DAL 9 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
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84 DAL 9 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
|
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85 DAL 9 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
|
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86 DAL 9 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
|
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87 DAL 9 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
|
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88 DAL 9 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
|
|
89 DAL 9 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
|
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90 DAL 9 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
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91 DAL 9 ALA C C 0.510000 12.0110 0
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92 DAL 9 ALA O O -0.510000 15.9990 0
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93 DAL 10 ALA C CC 0.340000 12.0110 0
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94 DAL 10 ALA OT1 OC -0.670000 15.9990 0
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95 DAL 10 ALA OT2 OC -0.670000 15.9990 0
|
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96 DAL 10 ALA N NH1 -0.470000 14.0070 0
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97 DAL 10 ALA HN H 0.310000 1.0080 0
|
|
98 DAL 10 ALA CA CT1 0.070000 12.0110 0
|
|
99 DAL 10 ALA HA HB 0.090000 1.0080 0
|
|
100 DAL 10 ALA CB CT3 -0.270000 12.0110 0
|
|
101 DAL 10 ALA HB1 HA 0.090000 1.0080 0
|
|
102 DAL 10 ALA HB2 HA 0.090000 1.0080 0
|
|
103 DAL 10 ALA HB3 HA 0.090000 1.0080 0
|
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102 !NBOND: bonds
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1 5 2 1 3 1 4 1
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5 6 7 5 7 8 7 9
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7 10 11 5 11 13 12 11
|
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13 14 13 15 15 16 17 15
|
|
17 18 17 19 17 20 21 15
|
|
21 23 22 21 23 24 23 25
|
|
25 26 27 25 27 28 27 29
|
|
27 30 31 25 31 33 32 31
|
|
33 34 33 35 35 36 37 35
|
|
37 38 37 39 37 40 41 35
|
|
41 43 42 41 43 44 43 45
|
|
45 46 47 45 47 48 47 49
|
|
47 50 51 45 51 53 52 51
|
|
53 54 53 55 55 56 57 55
|
|
57 58 57 59 57 60 61 55
|
|
61 63 62 61 63 64 63 65
|
|
65 66 67 65 67 68 67 69
|
|
67 70 71 65 71 73 72 71
|
|
73 74 73 75 75 76 77 75
|
|
77 78 77 79 77 80 81 75
|
|
81 83 82 81 83 84 83 85
|
|
85 86 87 85 87 88 87 89
|
|
87 90 91 85 91 96 92 91
|
|
93 95 93 94 93 98 96 97
|
|
96 98 98 99 100 98 100 101
|
|
100 102 100 103
|
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183 !NTHETA: angles
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1 5 6 1 5 11 2 1 5
|
|
2 1 4 2 1 3 3 1 5
|
|
3 1 4 4 1 5 5 11 12
|
|
5 11 13 5 7 10 5 7 9
|
|
5 7 8 7 5 6 7 5 11
|
|
7 5 1 8 7 10 8 7 9
|
|
9 7 10 11 5 6 13 15 16
|
|
13 15 21 13 11 12 14 13 11
|
|
14 13 15 15 21 22 15 21 23
|
|
15 17 20 15 17 19 15 17 18
|
|
15 13 11 17 15 16 17 15 21
|
|
17 15 13 18 17 20 18 17 19
|
|
19 17 20 21 15 16 23 25 26
|
|
23 25 31 23 21 22 24 23 21
|
|
24 23 25 25 31 32 25 31 33
|
|
25 27 30 25 27 29 25 27 28
|
|
25 23 21 27 25 26 27 25 31
|
|
27 25 23 28 27 30 28 27 29
|
|
29 27 30 31 25 26 33 35 36
|
|
33 35 41 33 31 32 34 33 31
|
|
34 33 35 35 41 42 35 41 43
|
|
35 37 40 35 37 39 35 37 38
|
|
35 33 31 37 35 36 37 35 41
|
|
37 35 33 38 37 40 38 37 39
|
|
39 37 40 41 35 36 43 45 46
|
|
43 45 51 43 41 42 44 43 41
|
|
44 43 45 45 51 52 45 51 53
|
|
45 47 50 45 47 49 45 47 48
|
|
45 43 41 47 45 46 47 45 51
|
|
47 45 43 48 47 50 48 47 49
|
|
49 47 50 51 45 46 53 55 56
|
|
53 55 61 53 51 52 54 53 51
|
|
54 53 55 55 61 62 55 61 63
|
|
55 57 60 55 57 59 55 57 58
|
|
55 53 51 57 55 56 57 55 61
|
|
57 55 53 58 57 60 58 57 59
|
|
59 57 60 61 55 56 63 65 66
|
|
63 65 71 63 61 62 64 63 61
|
|
64 63 65 65 71 72 65 71 73
|
|
65 67 70 65 67 69 65 67 68
|
|
65 63 61 67 65 66 67 65 71
|
|
67 65 63 68 67 70 68 67 69
|
|
69 67 70 71 65 66 73 75 76
|
|
73 75 81 73 71 72 74 73 71
|
|
74 73 75 75 81 82 75 81 83
|
|
75 77 80 75 77 79 75 77 78
|
|
75 73 71 77 75 76 77 75 81
|
|
77 75 73 78 77 80 78 77 79
|
|
79 77 80 81 75 76 83 85 86
|
|
83 85 91 83 81 82 84 83 81
|
|
84 83 85 85 91 92 85 91 96
|
|
85 87 90 85 87 89 85 87 88
|
|
85 83 81 87 85 86 87 85 91
|
|
87 85 83 88 87 90 88 87 89
|
|
89 87 90 91 85 86 93 98 99
|
|
94 93 98 95 93 98 95 93 94
|
|
96 98 99 96 98 93 96 91 92
|
|
97 96 91 97 96 98 98 100 103
|
|
98 100 102 98 100 101 98 96 91
|
|
100 98 99 100 98 93 100 98 96
|
|
101 100 103 101 100 102 102 100 103
|
|
|
|
249 !NPHI: dihedrals
|
|
1 5 7 8 1 5 7 9
|
|
1 5 7 10 1 5 11 13
|
|
1 5 11 12 2 1 5 7
|
|
2 1 5 11 2 1 5 6
|
|
3 1 5 7 3 1 5 11
|
|
3 1 5 6 4 1 5 7
|
|
4 1 5 11 4 1 5 6
|
|
5 11 13 14 5 11 13 15
|
|
6 5 7 8 6 5 7 9
|
|
6 5 7 10 6 5 11 13
|
|
6 5 11 12 7 5 11 13
|
|
7 5 11 12 8 7 5 11
|
|
9 7 5 11 10 7 5 11
|
|
11 13 15 17 11 13 15 21
|
|
11 13 15 16 12 11 13 14
|
|
12 11 13 15 13 15 17 18
|
|
13 15 17 19 13 15 17 20
|
|
13 15 21 23 13 15 21 22
|
|
14 13 15 17 14 13 15 21
|
|
14 13 15 16 15 21 23 24
|
|
15 21 23 25 16 15 17 18
|
|
16 15 17 19 16 15 17 20
|
|
16 15 21 23 16 15 21 22
|
|
17 15 21 23 17 15 21 22
|
|
18 17 15 21 19 17 15 21
|
|
20 17 15 21 21 23 25 27
|
|
21 23 25 31 21 23 25 26
|
|
22 21 23 24 22 21 23 25
|
|
23 25 27 28 23 25 27 29
|
|
23 25 27 30 23 25 31 33
|
|
23 25 31 32 24 23 25 27
|
|
24 23 25 31 24 23 25 26
|
|
25 31 33 34 25 31 33 35
|
|
26 25 27 28 26 25 27 29
|
|
26 25 27 30 26 25 31 33
|
|
26 25 31 32 27 25 31 33
|
|
27 25 31 32 28 27 25 31
|
|
29 27 25 31 30 27 25 31
|
|
31 33 35 37 31 33 35 41
|
|
31 33 35 36 32 31 33 34
|
|
32 31 33 35 33 35 37 38
|
|
33 35 37 39 33 35 37 40
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