forked from lijiext/lammps
started on W_l
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Aidan Thompson
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f44470fe63
commit
aa9b805cc9
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@ -96,11 +96,11 @@ ComputeOrientOrderAtom::ComputeOrientOrderAtom(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg
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if (iarg+nqlist > narg)
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error->all(FLERR,"Illegal compute orientorder/atom command");
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qmax = 0;
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for (int iw = 0; iw < nqlist; iw++) {
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qlist[iw] = force->numeric(FLERR,arg[iarg+iw]);
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if (qlist[iw] < 0)
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for (int il = 0; il < nqlist; il++) {
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qlist[il] = force->numeric(FLERR,arg[iarg+il]);
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if (qlist[il] < 0)
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error->all(FLERR,"Illegal compute orientorder/atom command");
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if (qlist[iw] > qmax) qmax = qlist[iw];
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if (qlist[il] > qmax) qmax = qlist[il];
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}
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iarg += nqlist;
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} else if (strcmp(arg[iarg],"components") == 0) {
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@ -111,9 +111,9 @@ ComputeOrientOrderAtom::ComputeOrientOrderAtom(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg
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if (qlcomp <= 0)
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error->all(FLERR,"Illegal compute orientorder/atom command");
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iqlcomp = -1;
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for (int iw = 0; iw < nqlist; iw++)
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if (qlcomp == qlist[iw]) {
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iqlcomp = iw;
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for (int il = 0; il < nqlist; il++)
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if (qlcomp == qlist[il]) {
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iqlcomp = il;
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break;
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}
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if (iqlcomp < 0)
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@ -274,8 +274,8 @@ void ComputeOrientOrderAtom::compute_peratom()
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// if not nnn neighbors, order parameter = 0;
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if ((ncount == 0) || (ncount < nnn)) {
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for (int iw = 0; iw < nqlist; iw++)
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qn[iw] = 0.0;
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for (int il = 0; il < nqlist; il++)
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qn[il] = 0.0;
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continue;
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}
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@ -403,13 +403,13 @@ void ComputeOrientOrderAtom::select3(int k, int n, double *arr, int *iarr, doubl
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void ComputeOrientOrderAtom::calc_boop(double **rlist,
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int ncount, double qn[],
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int qlist[], int nqlist) {
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for (int iw = 0; iw < nqlist; iw++) {
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int n = qlist[iw];
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for (int il = 0; il < nqlist; il++) {
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int l = qlist[il];
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qn[iw] = 0.0;
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||||
for(int m = 0; m < 2*n+1; m++) {
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qnm_r[iw][m] = 0.0;
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qnm_i[iw][m] = 0.0;
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qn[il] = 0.0;
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||||
for(int m = 0; m < 2*l+1; m++) {
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||||
qnm_r[il][m] = 0.0;
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qnm_i[il][m] = 0.0;
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}
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}
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@ -433,24 +433,24 @@ void ComputeOrientOrderAtom::calc_boop(double **rlist,
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expphi_i *= rxymaginv;
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}
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for (int iw = 0; iw < nqlist; iw++) {
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int n = qlist[iw];
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for (int il = 0; il < nqlist; il++) {
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int l = qlist[il];
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||||
qnm_r[iw][n] += polar_prefactor(n, 0, costheta);
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qnm_r[il][l] += polar_prefactor(l, 0, costheta);
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double expphim_r = expphi_r;
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double expphim_i = expphi_i;
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||||
for(int m = 1; m <= +n; m++) {
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||||
double prefactor = polar_prefactor(n, m, costheta);
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||||
for(int m = 1; m <= +l; m++) {
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||||
double prefactor = polar_prefactor(l, m, costheta);
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double c_r = prefactor * expphim_r;
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double c_i = prefactor * expphim_i;
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qnm_r[iw][m+n] += c_r;
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qnm_i[iw][m+n] += c_i;
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||||
qnm_r[il][m+l] += c_r;
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||||
qnm_i[il][m+l] += c_i;
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||||
if(m & 1) {
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qnm_r[iw][-m+n] -= c_r;
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||||
qnm_i[iw][-m+n] += c_i;
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||||
qnm_r[il][-m+l] -= c_r;
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||||
qnm_i[il][-m+l] += c_i;
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||||
} else {
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qnm_r[iw][-m+n] += c_r;
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||||
qnm_i[iw][-m+n] -= c_i;
|
||||
qnm_r[il][-m+l] += c_r;
|
||||
qnm_i[il][-m+l] -= c_i;
|
||||
}
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||||
double tmp_r = expphim_r*expphi_r - expphim_i*expphi_i;
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||||
double tmp_i = expphim_r*expphi_i + expphim_i*expphi_r;
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@ -461,30 +461,55 @@ void ComputeOrientOrderAtom::calc_boop(double **rlist,
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}
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}
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// calculate Q_l
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double fac = sqrt(MY_4PI) / ncount;
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double normfac = 0.0;
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for (int iw = 0; iw < nqlist; iw++) {
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int n = qlist[iw];
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int jcount = 0;
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for (int il = 0; il < nqlist; il++) {
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int l = qlist[il];
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double qm_sum = 0.0;
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for(int m = 0; m < 2*n+1; m++) {
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||||
qm_sum += qnm_r[iw][m]*qnm_r[iw][m] + qnm_i[iw][m]*qnm_i[iw][m];
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// printf("Ylm^2 = %d %d %g\n",n,m,
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// qnm_r[iw][m]*qnm_r[iw][m] + qnm_i[iw][m]*qnm_i[iw][m]);
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}
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qn[iw] = fac * sqrt(qm_sum / (2*n+1));
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if (qlcompflag && iqlcomp == iw) normfac = 1.0/sqrt(qm_sum);
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for(int m = 0; m < 2*l+1; m++)
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qm_sum += qnm_r[il][m]*qnm_r[il][m] + qnm_i[il][m]*qnm_i[il][m];
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qn[jcount++] = fac * sqrt(qm_sum / (2*l+1));
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if (qlcompflag && iqlcomp == il) normfac = 1.0/sqrt(qm_sum);
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}
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// TODO:
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// 1. Need to allocate extra memory in qn[] for this option
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// 2. Need to add keyword option
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// 3. Need to caclulate Clebsch-Gordan/Wigner 3j coefficients
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// 4. Compate to bcc values in /Users/athomps/netapp/codes/MatMiner/matminer/matminer/featurizers/boop
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// // calculate W_l
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// if (wlflag) {
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// for (int il = 0; il < nqlist; il++) {
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// int l = qlist[il];
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// double wlsum = 0.0;
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// for(int m1 = 0; m1 < 2*l+1; m1++) {
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// for(int m2 = MAX(0,l-m1); m2 < MIN(2*l+1,3*l-m1; m2++)) {
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// int m = m1 + m2 - l;
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// qm1qm2_r = qnm_r[il][m1]*qnm_r[il][m2] - qnm_i[il][m1]*qnm_i[il][m2];
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// qm1qm2_i = qnm_r[il][m1]*qnm_i[il][m2] + qnm_i[il][m1]*qnm_r[il][m2];
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// wlsum += (qm1qm2_r*qnm_r[il][m] + qm1qm2_i*qnm_i[il][m])*cg;
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// }
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// }
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// qn[jcount++] = wlsum;
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// }
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// }
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// output of the complex vector
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if (qlcompflag) {
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int j = nqlist;
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for(int m = 0; m < 2*qlcomp+1; m++) {
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qn[j++] = qnm_r[iqlcomp][m] * normfac;
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qn[j++] = qnm_i[iqlcomp][m] * normfac;
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qn[jcount++] = qnm_r[iqlcomp][m] * normfac;
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||||
qn[jcount++] = qnm_i[iqlcomp][m] * normfac;
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}
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}
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}
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