forked from lijiext/lammps
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35814a93eb
commit
a1ef01fc1a
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@ -628,7 +628,7 @@ int AtomVecDipole::unpack_exchange(double *buf)
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tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
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||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
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||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
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||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
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q[nlocal] = buf[m++];
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mu[nlocal][0] = buf[m++];
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@ -719,7 +719,7 @@ int AtomVecDipole::unpack_restart(double *buf)
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tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
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||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
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||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
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||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
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||||
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@ -756,8 +756,8 @@ void AtomVecDipole::create_atom(int itype, double *coord)
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|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
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||||
mask[nlocal] = 1;
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||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
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||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
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||||
v[nlocal][0] = 0.0;
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||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
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@ -776,7 +776,7 @@ void AtomVecDipole::create_atom(int itype, double *coord)
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|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
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||||
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||||
void AtomVecDipole::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecDipole::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
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||||
{
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||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
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||||
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@ -50,7 +50,7 @@ class AtomVecDipole : public AtomVec {
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|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void pack_data(double **);
|
||||
int pack_data_hybrid(int, double *);
|
||||
|
@ -60,7 +60,7 @@ class AtomVecDipole : public AtomVec {
|
|||
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||||
private:
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||||
int *tag,*type,*mask;
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||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
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double **x,**v,**f;
|
||||
double *q,**mu,**omega,**torque;
|
||||
};
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||||
|
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@ -468,8 +468,8 @@ void FixPour::pre_exchange()
|
|||
coords[0][1] = coord[1];
|
||||
coords[0][2] = coord[2];
|
||||
coords[0][3] = radtmp;
|
||||
imageflags[0] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
imageflags[0] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
} else {
|
||||
if (dimension == 3) {
|
||||
r[0] = random->uniform() - 0.5;
|
||||
|
@ -496,8 +496,8 @@ void FixPour::pre_exchange()
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|||
if (onemol->radiusflag) coords[i][3] = onemol->radius[i];
|
||||
else coords[i][3] = 0.5;
|
||||
|
||||
imageflags[i] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
imageflags[i] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
domain->remap(coords[i],imageflags[i]);
|
||||
}
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||||
}
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||||
|
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|
@ -350,8 +350,8 @@ void FixGCMC::init()
|
|||
zz = exp(beta*chemical_potential)/(pow(lambda,3.0));
|
||||
if (pressure_flag) zz = pressure*fugacity_coeff*beta/force->nktv2p;
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||||
|
||||
imagetmp = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
imagetmp = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
|
@ -659,7 +659,7 @@ void FixGCMC::attempt_molecule_rotation()
|
|||
get_rotation_matrix(max_rotation_angle,&rot[0]);
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||||
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||||
double **x = atom->x;
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||||
tagint *image = atom->image;
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||||
imageint *image = atom->image;
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||||
double energy_after = 0.0;
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||||
int n = 0;
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||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
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|
@ -814,7 +814,7 @@ void FixGCMC::attempt_molecule_insertion()
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|||
int k = 0;
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||||
double **x = atom->x;
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||||
double **v = atom->v;
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||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
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||||
int *molecule = atom->molecule;
|
||||
int *tag = atom->tag;
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||||
for (int i = 0; i < natoms_per_molecule; i++) {
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||||
|
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@ -94,7 +94,7 @@ class FixGCMC : public Fix {
|
|||
double **cutsq;
|
||||
double **atom_coord;
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||||
double *model_atom_buf;
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||||
tagint imagetmp;
|
||||
imageint imagetmp;
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||||
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||||
class Pair *pair;
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@ -55,7 +55,7 @@ void ComputeMSDNonGauss::compute_vector()
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||||
double **x = atom->x;
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||||
int *mask = atom->mask;
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||||
tagint *image = atom->image;
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||||
imageint *image = atom->image;
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||||
int nlocal = atom->nlocal;
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||||
double *h = domain->h;
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||||
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@ -361,8 +361,8 @@ void FixDeposit::pre_exchange()
|
|||
coords[i][1] += coord[1];
|
||||
coords[i][2] += coord[2];
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||||
|
||||
imageflags[i] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
imageflags[i] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
domain->remap(coords[i],imageflags[i]);
|
||||
}
|
||||
}
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||||
|
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@ -248,7 +248,7 @@ void FixEfield::post_force(int vflag)
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|||
double **f = atom->f;
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double *q = atom->q;
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||||
int *mask = atom->mask;
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tagint *image = atom->image;
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imageint *image = atom->image;
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int nlocal = atom->nlocal;
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||||
// reallocate efield array if necessary
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||||
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@ -597,7 +597,7 @@ int AtomVecAngle::unpack_exchange(double *buf)
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|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
molecule[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
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||||
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@ -669,7 +669,7 @@ int AtomVecAngle::pack_restart(int i, double *buf)
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|||
buf[m++] = tag[i];
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||||
buf[m++] = type[i];
|
||||
buf[m++] = mask[i];
|
||||
*((tagint *) &buf[m++]) = image[i];
|
||||
*((imageint *) &buf[m++]) = image[i];
|
||||
buf[m++] = v[i][0];
|
||||
buf[m++] = v[i][1];
|
||||
buf[m++] = v[i][2];
|
||||
|
@ -720,7 +720,7 @@ int AtomVecAngle::unpack_restart(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -769,8 +769,8 @@ void AtomVecAngle::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -788,7 +788,7 @@ void AtomVecAngle::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecAngle::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecAngle::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
|
||||
{
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||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
|
|
@ -49,7 +49,7 @@ class AtomVecAngle : public AtomVec {
|
|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void pack_data(double **);
|
||||
int pack_data_hybrid(int, double *);
|
||||
|
@ -59,7 +59,7 @@ class AtomVecAngle : public AtomVec {
|
|||
|
||||
protected:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
int *molecule;
|
||||
int **nspecial,**special;
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||||
|
|
|
@ -568,7 +568,7 @@ int AtomVecBond::unpack_exchange(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
molecule[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
|
@ -675,7 +675,7 @@ int AtomVecBond::unpack_restart(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -716,8 +716,8 @@ void AtomVecBond::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -734,7 +734,7 @@ void AtomVecBond::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecBond::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecBond::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
|
|
@ -48,7 +48,7 @@ class AtomVecBond : public AtomVec {
|
|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void pack_data(double **);
|
||||
int pack_data_hybrid(int, double *);
|
||||
|
@ -58,7 +58,7 @@ class AtomVecBond : public AtomVec {
|
|||
|
||||
private:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
int *molecule;
|
||||
int **nspecial,**special;
|
||||
|
|
|
@ -685,7 +685,7 @@ int AtomVecFull::unpack_exchange(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
q[nlocal] = buf[m++];
|
||||
molecule[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
@ -847,7 +847,7 @@ int AtomVecFull::unpack_restart(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -915,8 +915,8 @@ void AtomVecFull::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -937,7 +937,7 @@ void AtomVecFull::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecFull::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecFull::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
|
|
@ -49,7 +49,7 @@ class AtomVecFull : public AtomVec {
|
|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void pack_data(double **);
|
||||
int pack_data_hybrid(int, double *);
|
||||
|
@ -59,7 +59,7 @@ class AtomVecFull : public AtomVec {
|
|||
|
||||
protected:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
double *q;
|
||||
int *molecule;
|
||||
|
|
|
@ -672,7 +672,7 @@ int AtomVecMolecular::unpack_exchange(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
molecule[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
|
@ -832,7 +832,7 @@ int AtomVecMolecular::unpack_restart(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -899,8 +899,8 @@ void AtomVecMolecular::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -920,7 +920,7 @@ void AtomVecMolecular::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecMolecular::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecMolecular::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
|
|
@ -48,7 +48,7 @@ class AtomVecMolecular : public AtomVec {
|
|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void pack_data(double **);
|
||||
int pack_data_hybrid(int, double *);
|
||||
|
@ -58,7 +58,7 @@ class AtomVecMolecular : public AtomVec {
|
|||
|
||||
private:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
int *molecule;
|
||||
int **nspecial,**special;
|
||||
|
|
|
@ -634,7 +634,7 @@ int AtomVecPeri::unpack_exchange(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
vfrac[nlocal] = buf[m++];
|
||||
rmass[nlocal] = buf[m++];
|
||||
|
@ -728,7 +728,7 @@ int AtomVecPeri::unpack_restart(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -766,8 +766,8 @@ void AtomVecPeri::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -787,7 +787,7 @@ void AtomVecPeri::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecPeri::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecPeri::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
|
|
@ -50,7 +50,7 @@ class AtomVecPeri : public AtomVec {
|
|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void pack_data(double **);
|
||||
int pack_data_hybrid(int, double *);
|
||||
|
@ -60,7 +60,7 @@ class AtomVecPeri : public AtomVec {
|
|||
|
||||
private:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
double *vfrac,*density,*rmass,*s0,**x0;
|
||||
};
|
||||
|
|
|
@ -374,7 +374,7 @@ void FixPOEMS::init()
|
|||
// only count joint atoms in 1st body
|
||||
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **v = atom->v;
|
||||
|
@ -610,7 +610,7 @@ void FixPOEMS::setup(int vflag)
|
|||
// only count joint atoms in 1st body
|
||||
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **v = atom->v;
|
||||
|
@ -724,7 +724,7 @@ void FixPOEMS::post_force(int vflag)
|
|||
int xbox,ybox,zbox;
|
||||
double dx,dy,dz;
|
||||
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -1355,7 +1355,7 @@ void FixPOEMS::set_xv()
|
|||
double x0,x1,x2,v0,v1,v2,fc0,fc1,fc2,massone;
|
||||
double vr[6];
|
||||
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **v = atom->v;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
|
@ -1459,7 +1459,7 @@ void FixPOEMS::set_v()
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
double **v = atom->v;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double xprd = domain->xprd;
|
||||
|
|
|
@ -97,7 +97,7 @@ double ComputeEventDisplace::compute_scalar()
|
|||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double *h = domain->h;
|
||||
|
|
|
@ -81,7 +81,7 @@ int FixEvent::setmask()
|
|||
void FixEvent::store_event()
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
|
@ -97,7 +97,7 @@ void FixEvent::store_event()
|
|||
void FixEvent::restore_event()
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
|
@ -108,8 +108,8 @@ void FixEvent::restore_event()
|
|||
// since xevent is unwrapped coordinate, need to
|
||||
// adjust image flags when remapping
|
||||
|
||||
image[i] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMASK;
|
||||
image[i] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMASK;
|
||||
domain->remap(x[i],image[i]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
@ -125,7 +125,7 @@ void FixEvent::store_state()
|
|||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **v = atom->v;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
|
@ -148,7 +148,7 @@ void FixEvent::restore_state()
|
|||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **v = atom->v;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
|
|
|
@ -814,7 +814,7 @@ void TAD::store_state()
|
|||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **v = atom->v;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double **astore = fix_revert->astore;
|
||||
|
@ -826,7 +826,7 @@ void TAD::store_state()
|
|||
astore[i][3] = v[i][0];
|
||||
astore[i][4] = v[i][1];
|
||||
astore[i][5] = v[i][2];
|
||||
*((tagint *) &astore[i][6]) = image[i];
|
||||
*((imageint *) &astore[i][6]) = image[i];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
@ -839,7 +839,7 @@ void TAD::revert_state()
|
|||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **v = atom->v;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double **astore = fix_revert->astore;
|
||||
|
@ -851,7 +851,7 @@ void TAD::revert_state()
|
|||
v[i][0] = -astore[i][3];
|
||||
v[i][1] = -astore[i][4];
|
||||
v[i][2] = -astore[i][5];
|
||||
image[i] = *((tagint *) &astore[i][6]);
|
||||
image[i] = *((imageint *) &astore[i][6]);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -696,7 +696,7 @@ void FixRigid::setup(int vflag)
|
|||
|
||||
// torque = torque on each rigid body
|
||||
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
|
||||
double dx,dy,dz;
|
||||
|
@ -877,7 +877,7 @@ void FixRigid::final_integrate()
|
|||
|
||||
// sum over atoms to get force and torque on rigid body
|
||||
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -1044,7 +1044,7 @@ void FixRigid::final_integrate_respa(int ilevel, int iloop)
|
|||
|
||||
void FixRigid::pre_neighbor()
|
||||
{
|
||||
tagint original,oldimage,newimage;
|
||||
imageint original,oldimage,newimage;
|
||||
|
||||
for (int ibody = 0; ibody < nbody; ibody++) {
|
||||
original = imagebody[ibody];
|
||||
|
@ -1069,11 +1069,11 @@ void FixRigid::pre_neighbor()
|
|||
// subtracting remapflag = new-old keeps ix,iy,iz near 0
|
||||
// so body is always in central simulation box
|
||||
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
int ibody;
|
||||
tagint idim,otherdims;
|
||||
imageint idim,otherdims;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
if (body[i] == -1) continue;
|
||||
|
@ -1219,7 +1219,7 @@ void FixRigid::set_xv()
|
|||
double xy,xz,yz;
|
||||
double ione[3],exone[3],eyone[3],ezone[3],vr[6],p[3][3];
|
||||
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **v = atom->v;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
|
@ -1401,7 +1401,7 @@ void FixRigid::set_v()
|
|||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double xprd = domain->xprd;
|
||||
|
@ -1615,7 +1615,7 @@ void FixRigid::setup_bodies_static()
|
|||
// error if image flag is not 0 in a non-periodic dim
|
||||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
int *periodicity = domain->periodicity;
|
||||
double xprd = domain->xprd;
|
||||
|
@ -1684,8 +1684,8 @@ void FixRigid::setup_bodies_static()
|
|||
// then remap the xcm of each body back into simulation box if needed
|
||||
|
||||
for (ibody = 0; ibody < nbody; ibody++)
|
||||
imagebody[ibody] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
imagebody[ibody] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
|
||||
pre_neighbor();
|
||||
|
||||
|
@ -2040,7 +2040,7 @@ void FixRigid::setup_bodies_dynamic()
|
|||
double **v = atom->v;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -90,7 +90,7 @@ class FixRigid : public Fix {
|
|||
double **omega; // angular velocity of each in space coords
|
||||
double **torque; // torque on each rigid body in space coords
|
||||
double **quat; // quaternion of each rigid body
|
||||
tagint *imagebody; // image flags of xcm of each rigid body
|
||||
imageint *imagebody; // image flags of xcm of each rigid body
|
||||
double **fflag; // flag for on/off of center-of-mass force
|
||||
double **tflag; // flag for on/off of center-of-mass torque
|
||||
double **langextra; // Langevin thermostat forces and torques
|
||||
|
|
|
@ -612,7 +612,7 @@ void FixRigidNH::final_integrate()
|
|||
|
||||
// sum over atoms to get force and torque on rigid body
|
||||
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
|
|
@ -391,7 +391,7 @@ void FixRigidSmall::setup(int vflag)
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double *xcm,*fcm,*tcm;
|
||||
|
@ -599,7 +599,7 @@ void FixRigidSmall::final_integrate()
|
|||
|
||||
// sum over atoms to get force and torque on rigid body
|
||||
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -744,7 +744,7 @@ void FixRigidSmall::pre_neighbor()
|
|||
{
|
||||
// remap xcm and image flags of each body as needed
|
||||
|
||||
tagint original,oldimage,newimage;
|
||||
imageint original,oldimage,newimage;
|
||||
|
||||
for (int ibody = 0; ibody < nlocal_body; ibody++) {
|
||||
Body *b = &body[ibody];
|
||||
|
@ -780,11 +780,11 @@ void FixRigidSmall::pre_neighbor()
|
|||
|
||||
// adjust image flags of any atom in a rigid body whose xcm was remapped
|
||||
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
int ibody;
|
||||
tagint idim,otherdims;
|
||||
imageint idim,otherdims;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
if (atom2body[i] < 0) continue;
|
||||
|
@ -952,7 +952,7 @@ void FixRigidSmall::set_xv()
|
|||
double xz = domain->xz;
|
||||
double yz = domain->yz;
|
||||
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **v = atom->v;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
|
@ -1127,7 +1127,7 @@ void FixRigidSmall::set_v()
|
|||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
// set v of each atom
|
||||
|
@ -1246,7 +1246,7 @@ void FixRigidSmall::create_bodies()
|
|||
|
||||
// error check on image flags of atoms in rigid bodies
|
||||
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -1498,7 +1498,7 @@ void FixRigidSmall::ring_nearest(int n, char *cbuf)
|
|||
void FixRigidSmall::ring_farthest(int n, char *cbuf)
|
||||
{
|
||||
double **x = frsptr->atom->x;
|
||||
tagint *image = frsptr->atom->image;
|
||||
imageint *image = frsptr->atom->image;
|
||||
int nlocal = frsptr->atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double *buf = (double *) cbuf;
|
||||
|
@ -1630,7 +1630,7 @@ void FixRigidSmall::setup_bodies_static()
|
|||
// compute mass & center-of-mass of each rigid body
|
||||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
double *xcm;
|
||||
|
||||
|
@ -1684,8 +1684,8 @@ void FixRigidSmall::setup_bodies_static()
|
|||
// then remap the xcm of each body back into simulation box if needed
|
||||
|
||||
for (ibody = 0; ibody < nlocal_body; ibody++)
|
||||
body[ibody].image = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
body[ibody].image = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
|
||||
pre_neighbor();
|
||||
|
||||
|
@ -2045,7 +2045,7 @@ void FixRigidSmall::setup_bodies_dynamic()
|
|||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double *xcm,*vcm,*acm;
|
||||
|
@ -2496,8 +2496,8 @@ void FixRigidSmall::set_molecule(int nlocalprev, int tagprev,
|
|||
|
||||
b->angmom[0] = b->angmom[1] = b->angmom[2] = 0.0;
|
||||
b->omega[0] = b->omega[1] = b->omega[2] = 0.0;
|
||||
b->image = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
b->image = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
b->ilocal = i;
|
||||
nlocal_body++;
|
||||
}
|
||||
|
|
|
@ -97,7 +97,7 @@ class FixRigidSmall : public Fix {
|
|||
double ez_space[3];
|
||||
double angmom[3]; // space-frame angular momentum of body
|
||||
double omega[3]; // space-frame omega of body
|
||||
tagint image; // image flags of xcm
|
||||
imageint image; // image flags of xcm
|
||||
int remapflag[4]; // PBC remap flags
|
||||
int ilocal; // index of owning atom
|
||||
};
|
||||
|
|
|
@ -740,7 +740,7 @@ int AtomVecWavepacket::unpack_exchange(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
q[nlocal] = buf[m++];
|
||||
spin[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
@ -837,7 +837,7 @@ int AtomVecWavepacket::unpack_restart(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -878,8 +878,8 @@ void AtomVecWavepacket::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -902,7 +902,7 @@ void AtomVecWavepacket::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
AWPMD: 0-tag 1-type 2-q 3-spin 4-eradius 5-etag 6-cs_re 7-cs_im
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecWavepacket::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecWavepacket::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -58,7 +58,7 @@ public:
|
|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void data_vel(int, char **);
|
||||
int data_vel_hybrid(int, char **);
|
||||
|
@ -74,7 +74,7 @@ public:
|
|||
|
||||
private:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
|
||||
///\en spin: -1 or 1 for electron, 0 for ion (compatible with eff)
|
||||
|
|
|
@ -519,7 +519,7 @@ void FixColvars::setup(int vflag)
|
|||
memory->create(comm_buf,nmax,"colvars:comm_buf");
|
||||
|
||||
const double * const * const x = atom->x;
|
||||
const tagint * const image = atom->image;
|
||||
const imageint * const image = atom->image;
|
||||
|
||||
const double xprd = domain->xprd;
|
||||
const double yprd = domain->yprd;
|
||||
|
@ -668,7 +668,7 @@ void FixColvars::post_force(int vflag)
|
|||
const int * const tag = atom->tag;
|
||||
const double * const * const x = atom->x;
|
||||
double * const * const f = atom->f;
|
||||
const tagint * const image = atom->image;
|
||||
const imageint * const image = atom->image;
|
||||
|
||||
const double xprd = domain->xprd;
|
||||
const double yprd = domain->yprd;
|
||||
|
|
|
@ -642,7 +642,7 @@ int AtomVecElectron::unpack_exchange(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
q[nlocal] = buf[m++];
|
||||
spin[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
eradius[nlocal] = buf[m++];
|
||||
|
@ -730,7 +730,7 @@ int AtomVecElectron::unpack_restart(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -766,8 +766,8 @@ void AtomVecElectron::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -785,7 +785,7 @@ void AtomVecElectron::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecElectron::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecElectron::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -53,7 +53,7 @@ class AtomVecElectron : public AtomVec {
|
|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void data_vel(int, char **);
|
||||
int data_vel_hybrid(int, char **);
|
||||
|
@ -69,7 +69,7 @@ class AtomVecElectron : public AtomVec {
|
|||
|
||||
private:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
int *spin;
|
||||
double *q,*eradius,*ervel,*erforce;
|
||||
|
|
|
@ -800,7 +800,7 @@ void FixLbFluid::calc_fluidforce(void)
|
|||
double unwrap[3];
|
||||
double dx,dy,dz;
|
||||
double massone;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
|
|
|
@ -345,8 +345,8 @@ FixLbRigidPCSphere::FixLbRigidPCSphere(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
|
|||
// set here, so image value will persist from run to run
|
||||
|
||||
for (ibody = 0; ibody < nbody; ibody++)
|
||||
imagebody[ibody] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
imagebody[ibody] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
|
||||
// print statistics
|
||||
|
||||
|
@ -466,7 +466,7 @@ void FixLbRigidPCSphere::init()
|
|||
int *type = atom->type;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
int *periodicity = domain->periodicity;
|
||||
|
@ -656,7 +656,7 @@ void FixLbRigidPCSphere::setup(int vflag)
|
|||
int *type = atom->type;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *periodicity = domain->periodicity;
|
||||
|
||||
double unwrap[3];
|
||||
|
@ -766,7 +766,7 @@ void FixLbRigidPCSphere::initial_integrate(int vflag)
|
|||
int *type = atom->type;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
double unwrap[3];
|
||||
double dx,dy,dz;
|
||||
|
@ -951,7 +951,7 @@ void FixLbRigidPCSphere::final_integrate()
|
|||
|
||||
// sum over atoms to get force and torque on rigid body
|
||||
double massone;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
double **v = atom->v;
|
||||
|
@ -1119,7 +1119,7 @@ void FixLbRigidPCSphere::set_v()
|
|||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double xprd = domain->xprd;
|
||||
|
@ -1211,7 +1211,7 @@ void FixLbRigidPCSphere::set_xv()
|
|||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double xprd = domain->xprd;
|
||||
|
|
|
@ -111,7 +111,7 @@ double ComputeTempRotate::compute_scalar()
|
|||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -172,7 +172,7 @@ void ComputeTempRotate::compute_vector()
|
|||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -165,7 +165,7 @@ void FixAddTorque::post_force(int vflag)
|
|||
double **f = atom->f;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
|
|
@ -825,7 +825,7 @@ void FixIMD::post_force(int vflag)
|
|||
|
||||
int *tag = atom->tag;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
struct commdata *buf;
|
||||
|
|
|
@ -64,7 +64,7 @@ FixTISpring::FixTISpring(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
|
|||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
|
@ -157,7 +157,7 @@ void FixTISpring::post_force(int vflag)
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double dx, dy, dz;
|
||||
|
|
|
@ -308,7 +308,7 @@ void DumpMolfile::pack(int *ids)
|
|||
int *tag = atom->tag;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -47,7 +47,7 @@ void DomainOMP::pbc()
|
|||
const double * _noalias const hi = (triclinic == 0) ? boxhi : boxhi_lamda;
|
||||
const double * _noalias const period = (triclinic == 0) ? prd : prd_lamda;
|
||||
const int * _noalias const mask = atom->mask;
|
||||
tagint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
imageint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
const int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
int i;
|
||||
|
@ -55,7 +55,7 @@ void DomainOMP::pbc()
|
|||
#pragma omp parallel for private(i) default(none) schedule(static)
|
||||
#endif
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
tagint idim,otherdims;
|
||||
imageint idim,otherdims;
|
||||
|
||||
if (xperiodic) {
|
||||
if (x[i].x < lo[0]) {
|
||||
|
|
|
@ -280,7 +280,7 @@ void FixRigidNHOMP::final_integrate()
|
|||
double * const * _noalias const x = atom->x;
|
||||
const dbl3_t * _noalias const f = (dbl3_t *) atom->f[0];
|
||||
const double * const * const torque_one = atom->torque;
|
||||
const tagint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
const imageint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
const int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
// sum over atoms to get force and torque on rigid body
|
||||
|
@ -611,7 +611,7 @@ void FixRigidNHOMP::set_xv_thr()
|
|||
const double * _noalias const rmass = atom->rmass;
|
||||
const double * _noalias const mass = atom->mass;
|
||||
const int * _noalias const type = atom->type;
|
||||
const tagint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
const imageint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
|
||||
double v0=0.0,v1=0.0,v2=0.0,v3=0.0,v4=0.0,v5=0.0;
|
||||
|
||||
|
@ -813,7 +813,7 @@ void FixRigidNHOMP::set_v_thr()
|
|||
const double * _noalias const rmass = atom->rmass;
|
||||
const double * _noalias const mass = atom->mass;
|
||||
const int * _noalias const type = atom->type;
|
||||
const tagint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
const imageint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
|
||||
const double xprd = domain->xprd;
|
||||
const double yprd = domain->yprd;
|
||||
|
|
|
@ -118,7 +118,7 @@ void FixRigidOMP::final_integrate()
|
|||
double * const * _noalias const x = atom->x;
|
||||
const dbl3_t * _noalias const f = (dbl3_t *) atom->f[0];
|
||||
const double * const * const torque_one = atom->torque;
|
||||
const tagint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
const imageint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
const int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
// sum over atoms to get force and torque on rigid body
|
||||
|
@ -315,7 +315,7 @@ void FixRigidOMP::set_xv_thr()
|
|||
const double * _noalias const rmass = atom->rmass;
|
||||
const double * _noalias const mass = atom->mass;
|
||||
const int * _noalias const type = atom->type;
|
||||
const tagint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
const imageint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
|
||||
double v0=0.0,v1=0.0,v2=0.0,v3=0.0,v4=0.0,v5=0.0;
|
||||
|
||||
|
@ -517,7 +517,7 @@ void FixRigidOMP::set_v_thr()
|
|||
const double * _noalias const rmass = atom->rmass;
|
||||
const double * _noalias const mass = atom->mass;
|
||||
const int * _noalias const type = atom->type;
|
||||
const tagint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
const imageint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
|
||||
const double xprd = domain->xprd;
|
||||
const double yprd = domain->yprd;
|
||||
|
|
|
@ -122,7 +122,7 @@ void FixRigidSmallOMP::final_integrate()
|
|||
double * const * _noalias const x = atom->x;
|
||||
const dbl3_t * _noalias const f = (dbl3_t *) atom->f[0];
|
||||
const double * const * const torque_one = atom->torque;
|
||||
const tagint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
const imageint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
const int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
const int nthreads=comm->nthreads;
|
||||
int i, ibody;
|
||||
|
@ -268,7 +268,7 @@ void FixRigidSmallOMP::set_xv_thr()
|
|||
const double * _noalias const rmass = atom->rmass;
|
||||
const double * _noalias const mass = atom->mass;
|
||||
const int * _noalias const type = atom->type;
|
||||
const tagint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
const imageint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
|
||||
double v0=0.0,v1=0.0,v2=0.0,v3=0.0,v4=0.0,v5=0.0;
|
||||
|
||||
|
@ -465,7 +465,7 @@ void FixRigidSmallOMP::set_v_thr()
|
|||
const double * _noalias const rmass = atom->rmass;
|
||||
const double * _noalias const mass = atom->mass;
|
||||
const int * _noalias const type = atom->type;
|
||||
const tagint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
const imageint * _noalias const image = atom->image;
|
||||
|
||||
const double xprd = domain->xprd;
|
||||
const double yprd = domain->yprd;
|
||||
|
|
|
@ -680,7 +680,7 @@ int AtomVecMeso::unpack_exchange(double *buf) {
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
rho[nlocal] = buf[m++];
|
||||
e[nlocal] = buf[m++];
|
||||
cv[nlocal] = buf[m++];
|
||||
|
@ -768,7 +768,7 @@ int AtomVecMeso::unpack_restart(double *buf) {
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -806,8 +806,8 @@ void AtomVecMeso::create_atom(int itype, double *coord) {
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -828,7 +828,7 @@ void AtomVecMeso::create_atom(int itype, double *coord) {
|
|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecMeso::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values) {
|
||||
void AtomVecMeso::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values) {
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax)
|
||||
grow(0);
|
||||
|
|
|
@ -53,7 +53,7 @@ class AtomVecMeso : public AtomVec {
|
|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void pack_data(double **);
|
||||
int pack_data_hybrid(int, double *);
|
||||
|
@ -63,7 +63,7 @@ class AtomVecMeso : public AtomVec {
|
|||
|
||||
private:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
double *rho, *drho, *e, *de, *cv;
|
||||
double **vest; // estimated velocity during force computation
|
||||
|
|
|
@ -196,7 +196,7 @@ void DumpXTC::pack(int *ids)
|
|||
|
||||
int *tag = atom->tag;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
|
12
src/atom.cpp
12
src/atom.cpp
|
@ -569,7 +569,7 @@ int Atom::count_words(const char *line)
|
|||
void Atom::data_atoms(int n, char *buf)
|
||||
{
|
||||
int m,xptr,iptr;
|
||||
tagint imagedata;
|
||||
imageint imagedata;
|
||||
double xdata[3],lamda[3];
|
||||
double *coord;
|
||||
char *next;
|
||||
|
@ -649,11 +649,11 @@ void Atom::data_atoms(int n, char *buf)
|
|||
}
|
||||
|
||||
if (imageflag)
|
||||
imagedata = ((tagint) (atoi(values[iptr]) + IMGMAX) & IMGMASK) |
|
||||
(((tagint) (atoi(values[iptr+1]) + IMGMAX) & IMGMASK) << IMGBITS) |
|
||||
(((tagint) (atoi(values[iptr+2]) + IMGMAX) & IMGMASK) << IMG2BITS);
|
||||
else imagedata = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
imagedata = ((imageint) (atoi(values[iptr]) + IMGMAX) & IMGMASK) |
|
||||
(((imageint) (atoi(values[iptr+1]) + IMGMAX) & IMGMASK) << IMGBITS) |
|
||||
(((imageint) (atoi(values[iptr+2]) + IMGMAX) & IMGMASK) << IMG2BITS);
|
||||
else imagedata = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
|
||||
xdata[0] = atof(values[xptr]);
|
||||
xdata[1] = atof(values[xptr+1]);
|
||||
|
|
|
@ -46,7 +46,7 @@ class Atom : protected Pointers {
|
|||
// customize by adding new array
|
||||
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
|
||||
int *molecule,*molindex,*molatom;
|
||||
|
|
|
@ -83,7 +83,7 @@ class AtomVec : protected Pointers {
|
|||
|
||||
virtual void create_atom(int, double *) = 0;
|
||||
|
||||
virtual void data_atom(double *, tagint, char **) = 0;
|
||||
virtual void data_atom(double *, imageint, char **) = 0;
|
||||
virtual void data_atom_bonus(int, char **) {}
|
||||
virtual int data_atom_hybrid(int, char **) {return 0;}
|
||||
virtual void data_vel(int, char **);
|
||||
|
|
|
@ -484,7 +484,7 @@ int AtomVecAtomic::unpack_exchange(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
if (atom->nextra_grow)
|
||||
for (int iextra = 0; iextra < atom->nextra_grow; iextra++)
|
||||
|
@ -563,7 +563,7 @@ int AtomVecAtomic::unpack_restart(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -594,8 +594,8 @@ void AtomVecAtomic::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -608,7 +608,7 @@ void AtomVecAtomic::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecAtomic::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecAtomic::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
|
|
@ -47,14 +47,14 @@ class AtomVecAtomic : public AtomVec {
|
|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
void pack_data(double **);
|
||||
void write_data(FILE *, int, double **);
|
||||
bigint memory_usage();
|
||||
|
||||
protected:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -1030,7 +1030,7 @@ int AtomVecBody::unpack_exchange(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
rmass[nlocal] = buf[m++];
|
||||
angmom[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
|
@ -1179,7 +1179,7 @@ int AtomVecBody::unpack_restart(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -1280,8 +1280,8 @@ void AtomVecBody::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -1300,7 +1300,7 @@ void AtomVecBody::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecBody::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecBody::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
|
|
@ -70,7 +70,7 @@ class AtomVecBody : public AtomVec {
|
|||
void write_restart_settings(FILE *);
|
||||
void read_restart_settings(FILE *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void data_vel(int, char **);
|
||||
int data_vel_hybrid(int, char **);
|
||||
|
@ -91,7 +91,7 @@ class AtomVecBody : public AtomVec {
|
|||
|
||||
private:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
double *rmass;
|
||||
double **angmom,**torque;
|
||||
|
|
|
@ -527,7 +527,7 @@ int AtomVecCharge::unpack_exchange(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
q[nlocal] = buf[m++];
|
||||
|
||||
|
@ -610,7 +610,7 @@ int AtomVecCharge::unpack_restart(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -643,8 +643,8 @@ void AtomVecCharge::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -659,7 +659,7 @@ void AtomVecCharge::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecCharge::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecCharge::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
|
|
@ -49,7 +49,7 @@ class AtomVecCharge : public AtomVec {
|
|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void pack_data(double **);
|
||||
int pack_data_hybrid(int, double *);
|
||||
|
@ -59,7 +59,7 @@ class AtomVecCharge : public AtomVec {
|
|||
|
||||
protected:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
double *q;
|
||||
};
|
||||
|
|
|
@ -942,7 +942,7 @@ int AtomVecEllipsoid::unpack_exchange(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
rmass[nlocal] = buf[m++];
|
||||
angmom[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
|
@ -1064,7 +1064,7 @@ int AtomVecEllipsoid::unpack_restart(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -1117,8 +1117,8 @@ void AtomVecEllipsoid::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -1137,7 +1137,8 @@ void AtomVecEllipsoid::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecEllipsoid::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecEllipsoid::data_atom(double *coord, imageint imagetmp,
|
||||
char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
|
|
@ -60,7 +60,7 @@ class AtomVecEllipsoid : public AtomVec {
|
|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void data_vel(int, char **);
|
||||
int data_vel_hybrid(int, char **);
|
||||
|
@ -85,7 +85,7 @@ class AtomVecEllipsoid : public AtomVec {
|
|||
|
||||
private:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
double *rmass;
|
||||
double **angmom,**torque;
|
||||
|
|
|
@ -859,7 +859,7 @@ void AtomVecHybrid::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
grow() occurs here so arrays for all sub-styles are grown
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecHybrid::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecHybrid::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
|
|
@ -57,7 +57,7 @@ class AtomVecHybrid : public AtomVec {
|
|||
void write_restart_settings(FILE *);
|
||||
void read_restart_settings(FILE *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **) {return 0;}
|
||||
void data_vel(int, char **);
|
||||
void pack_data(double **);
|
||||
|
@ -68,7 +68,7 @@ class AtomVecHybrid : public AtomVec {
|
|||
|
||||
private:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
double **omega,**angmom;
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -814,7 +814,7 @@ int AtomVecLine::unpack_exchange(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
molecule[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
rmass[nlocal] = buf[m++];
|
||||
|
@ -926,7 +926,7 @@ int AtomVecLine::unpack_restart(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -973,8 +973,8 @@ void AtomVecLine::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -994,7 +994,7 @@ void AtomVecLine::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecLine::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecLine::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
|
|
@ -60,7 +60,7 @@ class AtomVecLine : public AtomVec {
|
|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void data_vel(int, char **);
|
||||
int data_vel_hybrid(int, char **);
|
||||
|
@ -85,7 +85,7 @@ class AtomVecLine : public AtomVec {
|
|||
|
||||
private:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
int *molecule;
|
||||
double *rmass;
|
||||
|
|
|
@ -813,7 +813,7 @@ int AtomVecSphere::unpack_exchange(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
radius[nlocal] = buf[m++];
|
||||
rmass[nlocal] = buf[m++];
|
||||
|
@ -904,7 +904,7 @@ int AtomVecSphere::unpack_restart(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -941,8 +941,8 @@ void AtomVecSphere::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -961,7 +961,7 @@ void AtomVecSphere::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecSphere::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecSphere::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
|
|
@ -54,7 +54,7 @@ class AtomVecSphere : public AtomVec {
|
|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void data_vel(int, char **);
|
||||
int data_vel_hybrid(int, char **);
|
||||
|
@ -70,7 +70,7 @@ class AtomVecSphere : public AtomVec {
|
|||
|
||||
private:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
double *radius,*density,*rmass;
|
||||
double **omega,**torque;
|
||||
|
|
|
@ -1108,7 +1108,7 @@ int AtomVecTri::unpack_exchange(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
|
||||
molecule[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
rmass[nlocal] = buf[m++];
|
||||
|
@ -1258,7 +1258,7 @@ int AtomVecTri::unpack_restart(double *buf)
|
|||
tag[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
type[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
mask[nlocal] = (int) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (tagint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
image[nlocal] = (imageint) ubuf(buf[m++]).i;
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
@ -1324,8 +1324,8 @@ void AtomVecTri::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image[nlocal] = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
@ -1345,7 +1345,7 @@ void AtomVecTri::create_atom(int itype, double *coord)
|
|||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecTri::data_atom(double *coord, tagint imagetmp, char **values)
|
||||
void AtomVecTri::data_atom(double *coord, imageint imagetmp, char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
|
|
@ -62,7 +62,7 @@ class AtomVecTri : public AtomVec {
|
|||
int pack_restart(int, double *);
|
||||
int unpack_restart(double *);
|
||||
void create_atom(int, double *);
|
||||
void data_atom(double *, tagint, char **);
|
||||
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||
void data_vel(int, char **);
|
||||
int data_vel_hybrid(int, char **);
|
||||
|
@ -87,7 +87,7 @@ class AtomVecTri : public AtomVec {
|
|||
|
||||
private:
|
||||
int *tag,*type,*mask;
|
||||
tagint *image;
|
||||
imageint *image;
|
||||
double **x,**v,**f;
|
||||
int *molecule;
|
||||
double *rmass;
|
||||
|
|
|
@ -356,7 +356,7 @@ void ChangeBox::command(int narg, char **arg)
|
|||
// use irregular() in case box moved a long distance relative to atoms
|
||||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) domain->remap(x[i],image[i]);
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -108,7 +108,7 @@ void ComputeCOMMolecule::compute_array()
|
|||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *molecule = atom->molecule;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
|
|
@ -63,7 +63,7 @@ ComputeDisplaceAtom::ComputeDisplaceAtom(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
|
|||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
|
@ -123,7 +123,7 @@ void ComputeDisplaceAtom::compute_peratom()
|
|||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double *h = domain->h;
|
||||
|
|
|
@ -78,7 +78,7 @@ void ComputeGyration::compute_vector()
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
|
|
@ -136,7 +136,7 @@ void ComputeGyrationMolecule::compute_vector()
|
|||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *molecule = atom->molecule;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -180,7 +180,7 @@ void ComputeGyrationMolecule::compute_array()
|
|||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *molecule = atom->molecule;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -231,7 +231,7 @@ void ComputeGyrationMolecule::molcom()
|
|||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *molecule = atom->molecule;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
|
|
@ -110,7 +110,7 @@ void ComputeInertiaMolecule::compute_array()
|
|||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *molecule = atom->molecule;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
|
|
@ -76,7 +76,7 @@ ComputeMSD::ComputeMSD(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
|
|||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
|
@ -152,7 +152,7 @@ void ComputeMSD::compute_vector()
|
|||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double *h = domain->h;
|
||||
|
|
|
@ -125,7 +125,7 @@ void ComputeMSDMolecule::compute_array()
|
|||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *molecule = atom->molecule;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
|
|
@ -662,7 +662,7 @@ void ComputePropertyAtom::pack_zs_triclinic(int n)
|
|||
void ComputePropertyAtom::pack_xu(int n)
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -681,7 +681,7 @@ void ComputePropertyAtom::pack_xu(int n)
|
|||
void ComputePropertyAtom::pack_yu(int n)
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -700,7 +700,7 @@ void ComputePropertyAtom::pack_yu(int n)
|
|||
void ComputePropertyAtom::pack_zu(int n)
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -719,7 +719,7 @@ void ComputePropertyAtom::pack_zu(int n)
|
|||
void ComputePropertyAtom::pack_xu_triclinic(int n)
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -742,7 +742,7 @@ void ComputePropertyAtom::pack_xu_triclinic(int n)
|
|||
void ComputePropertyAtom::pack_yu_triclinic(int n)
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -764,7 +764,7 @@ void ComputePropertyAtom::pack_yu_triclinic(int n)
|
|||
void ComputePropertyAtom::pack_zu_triclinic(int n)
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -784,7 +784,7 @@ void ComputePropertyAtom::pack_zu_triclinic(int n)
|
|||
|
||||
void ComputePropertyAtom::pack_ix(int n)
|
||||
{
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -799,7 +799,7 @@ void ComputePropertyAtom::pack_ix(int n)
|
|||
|
||||
void ComputePropertyAtom::pack_iy(int n)
|
||||
{
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -814,7 +814,7 @@ void ComputePropertyAtom::pack_iy(int n)
|
|||
|
||||
void ComputePropertyAtom::pack_iz(int n)
|
||||
{
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -377,7 +377,7 @@ void CreateAtoms::command(int narg, char **arg)
|
|||
// perform irregular comm to migrate atoms to new owning procs
|
||||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) domain->remap(x[i],image[i]);
|
||||
|
||||
|
@ -416,8 +416,8 @@ void CreateAtoms::add_single()
|
|||
// remap atom if requested
|
||||
|
||||
if (remapflag) {
|
||||
tagint imagetmp = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
imageint imagetmp = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
domain->remap(xone,imagetmp);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -263,7 +263,7 @@ void DisplaceAtoms::command(int narg, char **arg)
|
|||
// use irregular() in case atoms moved a long distance
|
||||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) domain->remap(x[i],image[i]);
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -443,13 +443,13 @@ void Domain::reset_box()
|
|||
void Domain::pbc()
|
||||
{
|
||||
int i;
|
||||
tagint idim,otherdims;
|
||||
imageint idim,otherdims;
|
||||
double *lo,*hi,*period;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double **v = atom->v;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
if (triclinic == 0) {
|
||||
lo = boxlo;
|
||||
|
@ -568,7 +568,7 @@ void Domain::image_check()
|
|||
memory->create(unwrap,atom->nmax,3,"domain:unwrap");
|
||||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
|
@ -988,11 +988,11 @@ void Domain::closest_image(const double * const xi, const double * const xj,
|
|||
increment/decrement in wrap-around fashion
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void Domain::remap(double *x, tagint &image)
|
||||
void Domain::remap(double *x, imageint &image)
|
||||
{
|
||||
double *lo,*hi,*period,*coord;
|
||||
double lamda[3];
|
||||
tagint idim,otherdims;
|
||||
imageint idim,otherdims;
|
||||
|
||||
if (triclinic == 0) {
|
||||
lo = boxlo;
|
||||
|
@ -1197,7 +1197,7 @@ void Domain::remap_near(double *xnew, double *xold)
|
|||
for triclinic, use h[] to add in tilt factors in other dims as needed
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void Domain::unmap(double *x, tagint image)
|
||||
void Domain::unmap(double *x, imageint image)
|
||||
{
|
||||
int xbox = (image & IMGMASK) - IMGMAX;
|
||||
int ybox = (image >> IMGBITS & IMGMASK) - IMGMAX;
|
||||
|
@ -1220,7 +1220,7 @@ void Domain::unmap(double *x, tagint image)
|
|||
for triclinic, use h[] to add in tilt factors in other dims as needed
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void Domain::unmap(double *x, tagint image, double *y)
|
||||
void Domain::unmap(double *x, imageint image, double *y)
|
||||
{
|
||||
int xbox = (image & IMGMASK) - IMGMAX;
|
||||
int ybox = (image >> IMGBITS & IMGMASK) - IMGMAX;
|
||||
|
@ -1258,7 +1258,7 @@ void Domain::unmap(double *x, tagint image, double *y)
|
|||
|
||||
void Domain::image_flip(int m, int n, int p)
|
||||
{
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
|
@ -1269,9 +1269,9 @@ void Domain::image_flip(int m, int n, int p)
|
|||
ybox -= p*zbox;
|
||||
xbox -= m*ybox + n*zbox;
|
||||
|
||||
image[i] = ((tagint) (xbox + IMGMAX) & IMGMASK) |
|
||||
(((tagint) (ybox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMGBITS) |
|
||||
(((tagint) (zbox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMG2BITS);
|
||||
image[i] = ((imageint) (xbox + IMGMAX) & IMGMASK) |
|
||||
(((imageint) (ybox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMGBITS) |
|
||||
(((imageint) (zbox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMG2BITS);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -106,11 +106,11 @@ class Domain : protected Pointers {
|
|||
int closest_image(int, int);
|
||||
void closest_image(const double * const, const double * const,
|
||||
double * const);
|
||||
void remap(double *, tagint &);
|
||||
void remap(double *, imageint &);
|
||||
void remap(double *);
|
||||
void remap_near(double *, double *);
|
||||
void unmap(double *, tagint);
|
||||
void unmap(double *, tagint, double *);
|
||||
void unmap(double *, imageint);
|
||||
void unmap(double *, imageint, double *);
|
||||
void image_flip(int, int, int);
|
||||
void set_lattice(int, char **);
|
||||
void add_region(int, char **);
|
||||
|
|
|
@ -243,7 +243,7 @@ void DumpAtom::pack_scale_image(int *ids)
|
|||
|
||||
int *tag = atom->tag;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -303,7 +303,7 @@ void DumpAtom::pack_scale_image_triclinic(int *ids)
|
|||
|
||||
int *tag = atom->tag;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -361,7 +361,7 @@ void DumpAtom::pack_noscale_image(int *ids)
|
|||
|
||||
int *tag = atom->tag;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
|
|
@ -535,7 +535,7 @@ int DumpCustom::count()
|
|||
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == XU) {
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double xprd = domain->xprd;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
dchoose[i] = x[i][0] + ((image[i] & IMGMASK) - IMGMAX) * xprd;
|
||||
|
@ -543,7 +543,7 @@ int DumpCustom::count()
|
|||
nstride = 1;
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == YU) {
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double yprd = domain->yprd;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
dchoose[i] = x[i][1] +
|
||||
|
@ -552,7 +552,7 @@ int DumpCustom::count()
|
|||
nstride = 1;
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == ZU) {
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double zprd = domain->zprd;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
dchoose[i] = x[i][2] + ((image[i] >> IMG2BITS) - IMGMAX) * zprd;
|
||||
|
@ -561,7 +561,7 @@ int DumpCustom::count()
|
|||
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == XUTRI) {
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *h = domain->h;
|
||||
int xbox,ybox,zbox;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
|
@ -574,7 +574,7 @@ int DumpCustom::count()
|
|||
nstride = 1;
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == YUTRI) {
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *h = domain->h;
|
||||
int ybox,zbox;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
|
@ -586,7 +586,7 @@ int DumpCustom::count()
|
|||
nstride = 1;
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == ZUTRI) {
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *h = domain->h;
|
||||
int zbox;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
|
@ -598,7 +598,7 @@ int DumpCustom::count()
|
|||
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == XSU) {
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double boxxlo = domain->boxlo[0];
|
||||
double invxprd = 1.0/domain->xprd;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
|
@ -609,7 +609,7 @@ int DumpCustom::count()
|
|||
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == YSU) {
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double boxylo = domain->boxlo[1];
|
||||
double invyprd = 1.0/domain->yprd;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
|
@ -621,7 +621,7 @@ int DumpCustom::count()
|
|||
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == ZSU) {
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double boxzlo = domain->boxlo[2];
|
||||
double invzprd = 1.0/domain->zprd;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
|
@ -632,7 +632,7 @@ int DumpCustom::count()
|
|||
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == XSUTRI) {
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *boxlo = domain->boxlo;
|
||||
double *h_inv = domain->h_inv;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
|
@ -644,7 +644,7 @@ int DumpCustom::count()
|
|||
nstride = 1;
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == YSUTRI) {
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *boxlo = domain->boxlo;
|
||||
double *h_inv = domain->h_inv;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
|
@ -655,7 +655,7 @@ int DumpCustom::count()
|
|||
nstride = 1;
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == ZSUTRI) {
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *boxlo = domain->boxlo;
|
||||
double *h_inv = domain->h_inv;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
|
@ -665,19 +665,19 @@ int DumpCustom::count()
|
|||
nstride = 1;
|
||||
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == IX) {
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
dchoose[i] = (image[i] & IMGMASK) - IMGMAX;
|
||||
ptr = dchoose;
|
||||
nstride = 1;
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == IY) {
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
dchoose[i] = (image[i] >> IMGBITS & IMGMASK) - IMGMAX;
|
||||
ptr = dchoose;
|
||||
nstride = 1;
|
||||
} else if (thresh_array[ithresh] == IZ) {
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
dchoose[i] = (image[i] >> IMG2BITS) - IMGMAX;
|
||||
ptr = dchoose;
|
||||
|
@ -1896,7 +1896,7 @@ void DumpCustom::pack_xu(int n)
|
|||
{
|
||||
int j;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
double xprd = domain->xprd;
|
||||
|
||||
|
@ -1913,7 +1913,7 @@ void DumpCustom::pack_yu(int n)
|
|||
{
|
||||
int j;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
double yprd = domain->yprd;
|
||||
|
||||
|
@ -1930,7 +1930,7 @@ void DumpCustom::pack_zu(int n)
|
|||
{
|
||||
int j;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
double zprd = domain->zprd;
|
||||
|
||||
|
@ -1947,7 +1947,7 @@ void DumpCustom::pack_xu_triclinic(int n)
|
|||
{
|
||||
int j;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
double *h = domain->h;
|
||||
int xbox,ybox,zbox;
|
||||
|
@ -1968,7 +1968,7 @@ void DumpCustom::pack_yu_triclinic(int n)
|
|||
{
|
||||
int j;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
double *h = domain->h;
|
||||
int ybox,zbox;
|
||||
|
@ -1988,7 +1988,7 @@ void DumpCustom::pack_zu_triclinic(int n)
|
|||
{
|
||||
int j;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
double *h = domain->h;
|
||||
int zbox;
|
||||
|
@ -2007,7 +2007,7 @@ void DumpCustom::pack_xsu(int n)
|
|||
{
|
||||
int j;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
double boxxlo = domain->boxlo[0];
|
||||
double invxprd = 1.0/domain->xprd;
|
||||
|
@ -2025,7 +2025,7 @@ void DumpCustom::pack_ysu(int n)
|
|||
{
|
||||
int j;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
double boxylo = domain->boxlo[1];
|
||||
double invyprd = 1.0/domain->yprd;
|
||||
|
@ -2043,7 +2043,7 @@ void DumpCustom::pack_zsu(int n)
|
|||
{
|
||||
int j;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
double boxzlo = domain->boxlo[2];
|
||||
double invzprd = 1.0/domain->zprd;
|
||||
|
@ -2061,7 +2061,7 @@ void DumpCustom::pack_xsu_triclinic(int n)
|
|||
{
|
||||
int j;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
double *boxlo = domain->boxlo;
|
||||
double *h_inv = domain->h_inv;
|
||||
|
@ -2080,7 +2080,7 @@ void DumpCustom::pack_ysu_triclinic(int n)
|
|||
{
|
||||
int j;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
double *boxlo = domain->boxlo;
|
||||
double *h_inv = domain->h_inv;
|
||||
|
@ -2099,7 +2099,7 @@ void DumpCustom::pack_zsu_triclinic(int n)
|
|||
{
|
||||
int j;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
double *boxlo = domain->boxlo;
|
||||
double *h_inv = domain->h_inv;
|
||||
|
@ -2115,7 +2115,7 @@ void DumpCustom::pack_zsu_triclinic(int n)
|
|||
|
||||
void DumpCustom::pack_ix(int n)
|
||||
{
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nchoose; i++) {
|
||||
buf[n] = (image[clist[i]] & IMGMASK) - IMGMAX;
|
||||
|
@ -2127,7 +2127,7 @@ void DumpCustom::pack_ix(int n)
|
|||
|
||||
void DumpCustom::pack_iy(int n)
|
||||
{
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nchoose; i++) {
|
||||
buf[n] = (image[clist[i]] >> IMGBITS & IMGMASK) - IMGMAX;
|
||||
|
@ -2139,7 +2139,7 @@ void DumpCustom::pack_iy(int n)
|
|||
|
||||
void DumpCustom::pack_iz(int n)
|
||||
{
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nchoose; i++) {
|
||||
buf[n] = (image[clist[i]] >> IMG2BITS) - IMGMAX;
|
||||
|
|
|
@ -181,7 +181,7 @@ void DumpDCD::pack(int *ids)
|
|||
|
||||
int *tag = atom->tag;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -221,7 +221,7 @@ void FixAddForce::post_force(int vflag)
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
// reallocate sforce array if necessary
|
||||
|
|
|
@ -657,7 +657,7 @@ void FixDeform::pre_exchange()
|
|||
domain->image_flip(flipxy,flipxz,flipyz);
|
||||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) domain->remap(x[i],image[i]);
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -120,7 +120,7 @@ void FixMomentum::end_of_step()
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
double **v = atom->v;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double dx,dy,dz;
|
||||
|
|
|
@ -248,7 +248,7 @@ FixMove::FixMove(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
|
|||
// xoriginal = initial unwrapped positions of atoms
|
||||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -868,7 +868,7 @@ void FixMove::copy_arrays(int i, int j, int delflag)
|
|||
void FixMove::set_arrays(int i)
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
|
||||
// particle not in group
|
||||
|
|
|
@ -2250,7 +2250,7 @@ void FixNH::pre_exchange()
|
|||
domain->image_flip(flipxy,flipxz,flipyz);
|
||||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) domain->remap(x[i],image[i]);
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -106,7 +106,7 @@ void FixSpringRG::post_force(int vflag)
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -77,7 +77,7 @@ FixSpringSelf::FixSpringSelf(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
|
|||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
|
@ -149,7 +149,7 @@ void FixSpringSelf::post_force(int vflag)
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double dx,dy,dz;
|
||||
|
|
|
@ -816,7 +816,7 @@ void FixStoreState::pack_zs_triclinic(int n)
|
|||
void FixStoreState::pack_xu(int n)
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -836,7 +836,7 @@ void FixStoreState::pack_xu(int n)
|
|||
void FixStoreState::pack_yu(int n)
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -856,7 +856,7 @@ void FixStoreState::pack_yu(int n)
|
|||
void FixStoreState::pack_zu(int n)
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -876,7 +876,7 @@ void FixStoreState::pack_zu(int n)
|
|||
void FixStoreState::pack_xu_triclinic(int n)
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -900,7 +900,7 @@ void FixStoreState::pack_xu_triclinic(int n)
|
|||
void FixStoreState::pack_yu_triclinic(int n)
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -923,7 +923,7 @@ void FixStoreState::pack_yu_triclinic(int n)
|
|||
void FixStoreState::pack_zu_triclinic(int n)
|
||||
{
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -944,7 +944,7 @@ void FixStoreState::pack_zu_triclinic(int n)
|
|||
|
||||
void FixStoreState::pack_ix(int n)
|
||||
{
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -959,7 +959,7 @@ void FixStoreState::pack_ix(int n)
|
|||
|
||||
void FixStoreState::pack_iy(int n)
|
||||
{
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
@ -974,7 +974,7 @@ void FixStoreState::pack_iy(int n)
|
|||
|
||||
void FixStoreState::pack_iz(int n)
|
||||
{
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -92,7 +92,7 @@ FixTMD::FixTMD(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) : Fix(lmp, narg, arg)
|
|||
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -186,7 +186,7 @@ void FixTMD::initial_integrate(int vflag)
|
|||
double **v = atom->v;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
|
|
@ -762,7 +762,7 @@ void Group::xcm(int igroup, double masstotal, double *cm)
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -816,7 +816,7 @@ void Group::xcm(int igroup, double masstotal, double *cm, int iregion)
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -1086,7 +1086,7 @@ double Group::gyration(int igroup, double masstotal, double *cm)
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -1126,7 +1126,7 @@ double Group::gyration(int igroup, double masstotal, double *cm, int iregion)
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -1166,7 +1166,7 @@ void Group::angmom(int igroup, double *cm, double *lmom)
|
|||
double **v = atom->v;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -1208,7 +1208,7 @@ void Group::angmom(int igroup, double *cm, double *lmom, int iregion)
|
|||
double **v = atom->v;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -1248,7 +1248,7 @@ void Group::torque(int igroup, double *cm, double *tq)
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double dx,dy,dz;
|
||||
|
@ -1285,7 +1285,7 @@ void Group::torque(int igroup, double *cm, double *tq, int iregion)
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
double **f = atom->f;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double dx,dy,dz;
|
||||
|
@ -1322,7 +1322,7 @@ void Group::inertia(int igroup, double *cm, double itensor[3][3])
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
@ -1372,7 +1372,7 @@ void Group::inertia(int igroup, double *cm, double itensor[3][3], int iregion)
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
int *type = atom->type;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
double *mass = atom->mass;
|
||||
double *rmass = atom->rmass;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
|
|
@ -370,31 +370,32 @@ LAMMPS::LAMMPS(int narg, char **arg, MPI_Comm communicator)
|
|||
|
||||
if (sizeof(smallint) != sizeof(int))
|
||||
error->all(FLERR,"Smallint setting in lmptype.h is invalid");
|
||||
if (sizeof(imageint) < sizeof(smallint))
|
||||
error->all(FLERR,"Imageint setting in lmptype.h is invalid");
|
||||
if (sizeof(tagint) < sizeof(smallint))
|
||||
error->all(FLERR,"Tagint setting in lmptype.h is invalid");
|
||||
if (sizeof(bigint) < sizeof(tagint))
|
||||
error->all(FLERR,"Bigint setting in lmptype.h is invalid");
|
||||
|
||||
int mpisize;
|
||||
MPI_Type_size(MPI_LMP_TAGINT,&mpisize);
|
||||
if (mpisize != sizeof(tagint))
|
||||
error->all(FLERR,
|
||||
"MPI_LMP_TAGINT and tagint in lmptype.h are not compatible");
|
||||
MPI_Type_size(MPI_LMP_BIGINT,&mpisize);
|
||||
if (mpisize != sizeof(bigint))
|
||||
error->all(FLERR,
|
||||
"MPI_LMP_BIGINT and bigint in lmptype.h are not compatible");
|
||||
error->all(FLERR,"MPI_LMP_BIGINT and bigint in "
|
||||
"lmptype.h are not compatible");
|
||||
|
||||
#ifdef LAMMPS_SMALLBIG
|
||||
if (sizeof(smallint) != 4 || sizeof(tagint) != 4 || sizeof(bigint) != 8)
|
||||
if (sizeof(smallint) != 4 || sizeof(imageint) != 4 ||
|
||||
sizeof(tagint) != 4 || sizeof(bigint) != 8)
|
||||
error->all(FLERR,"Small, tag, big integers are not sized correctly");
|
||||
#endif
|
||||
#ifdef LAMMPS_BIGBIG
|
||||
if (sizeof(smallint) != 4 || sizeof(tagint) != 8 || sizeof(bigint) != 8)
|
||||
if (sizeof(smallint) != 4 || sizeof(imageint) != 8 ||
|
||||
sizeof(tagint) != 8 || sizeof(bigint) != 8)
|
||||
error->all(FLERR,"Small, tag, big integers are not sized correctly");
|
||||
#endif
|
||||
#ifdef LAMMPS_SMALLSMALL
|
||||
if (sizeof(smallint) != 4 || sizeof(tagint) != 4 || sizeof(bigint) != 4)
|
||||
if (sizeof(smallint) != 4 || sizeof(imageint) != 4 ||
|
||||
sizeof(tagint) != 4 || sizeof(bigint) != 4)
|
||||
error->all(FLERR,"Small, tag, big integers are not sized correctly");
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -14,14 +14,15 @@
|
|||
// define integer data types used by LAMMPS and associated size limits
|
||||
|
||||
// smallint = variables for on-procesor system (nlocal, nmax, etc)
|
||||
// imageint = variables for atom image flags (image)
|
||||
// tagint = variables for atom IDs (tag)
|
||||
// bigint = variables for total system (natoms, ntimestep, etc)
|
||||
|
||||
// smallint must be an int, as defined by C compiler
|
||||
// imageint can be 32-bit or 64-bit int, must be >= smallint
|
||||
// tagint can be 32-bit or 64-bit int, must be >= smallint
|
||||
// bigint can be 32-bit or 64-bit int, must be >= tagint
|
||||
|
||||
// MPI_LMP_TAGINT = MPI data type corresponding to a tagint
|
||||
// MPI_LMP_BIGINT = MPI data type corresponding to a bigint
|
||||
|
||||
#ifndef LMP_LMPTYPE_H
|
||||
|
@ -70,11 +71,12 @@ namespace LAMMPS_NS {
|
|||
#endif
|
||||
|
||||
// for atomic problems that exceed 2 billion (2^31) atoms
|
||||
// 32-bit smallint and tagint, 64-bit bigint
|
||||
// 32-bit smallint and imageint and tagint, 64-bit bigint
|
||||
|
||||
#ifdef LAMMPS_SMALLBIG
|
||||
|
||||
typedef int smallint;
|
||||
typedef int imageint;
|
||||
typedef int tagint;
|
||||
typedef int64_t bigint;
|
||||
|
||||
|
@ -82,7 +84,6 @@ typedef int64_t bigint;
|
|||
#define MAXTAGINT INT_MAX
|
||||
#define MAXBIGINT INT64_MAX
|
||||
|
||||
#define MPI_LMP_TAGINT MPI_INT
|
||||
#define MPI_LMP_BIGINT MPI_LL
|
||||
|
||||
#define TAGINT_FORMAT "%d"
|
||||
|
@ -100,11 +101,12 @@ typedef int64_t bigint;
|
|||
|
||||
// for molecular problems that exceed 2 billion (2^31) atoms
|
||||
// or problems where atoms wrap around the periodic box more than 512 times
|
||||
// 32-bit smallint, 64-bit tagint and bigint
|
||||
// 32-bit smallint, 64-bit imageint and tagint and bigint
|
||||
|
||||
#ifdef LAMMPS_BIGBIG
|
||||
|
||||
typedef int smallint;
|
||||
typedef int64_t imageint;
|
||||
typedef int64_t tagint;
|
||||
typedef int64_t bigint;
|
||||
|
||||
|
@ -112,7 +114,6 @@ typedef int64_t bigint;
|
|||
#define MAXTAGINT INT64_MAX
|
||||
#define MAXBIGINT INT64_MAX
|
||||
|
||||
#define MPI_LMP_TAGINT MPI_LL
|
||||
#define MPI_LMP_BIGINT MPI_LL
|
||||
|
||||
#define TAGINT_FORMAT "%" PRId64
|
||||
|
@ -129,11 +130,12 @@ typedef int64_t bigint;
|
|||
#endif
|
||||
|
||||
// for machines that do not support 64-bit ints
|
||||
// 32-bit smallint and tagint and bigint
|
||||
// 32-bit smallint and imageint and tagint and bigint
|
||||
|
||||
#ifdef LAMMPS_SMALLSMALL
|
||||
|
||||
typedef int smallint;
|
||||
typedef int imageint;
|
||||
typedef int tagint;
|
||||
typedef int bigint;
|
||||
|
||||
|
@ -141,7 +143,6 @@ typedef int bigint;
|
|||
#define MAXTAGINT INT_MAX
|
||||
#define MAXBIGINT INT_MAX
|
||||
|
||||
#define MPI_LMP_TAGINT MPI_INT
|
||||
#define MPI_LMP_BIGINT MPI_INT
|
||||
|
||||
#define TAGINT_FORMAT "%d"
|
||||
|
|
|
@ -543,7 +543,7 @@ void ReadDump::atoms()
|
|||
// use irregular() in case atoms moved a long distance
|
||||
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
nlocal = atom->nlocal;
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) domain->remap(x[i],image[i]);
|
||||
|
||||
|
@ -716,7 +716,7 @@ void ReadDump::process_atoms(int n)
|
|||
double **x = atom->x;
|
||||
double **v = atom->v;
|
||||
double *q = atom->q;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
int map_tag_max = atom->map_tag_max;
|
||||
|
||||
|
@ -785,9 +785,9 @@ void ReadDump::process_atoms(int n)
|
|||
|
||||
if (!wrapped) xbox = ybox = zbox = 0;
|
||||
|
||||
image[m] = ((tagint) (xbox + IMGMAX) & IMGMASK) |
|
||||
(((tagint) (ybox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMGBITS) |
|
||||
(((tagint) (zbox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMG2BITS);
|
||||
image[m] = ((imageint) (xbox + IMGMAX) & IMGMASK) |
|
||||
(((imageint) (ybox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMGBITS) |
|
||||
(((imageint) (zbox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMG2BITS);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
@ -874,9 +874,9 @@ void ReadDump::process_atoms(int n)
|
|||
|
||||
// replace image flag in case changed by ix,iy,iz fields
|
||||
|
||||
image[m] = ((tagint) (xbox + IMGMAX) & IMGMASK) |
|
||||
(((tagint) (ybox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMGBITS) |
|
||||
(((tagint) (zbox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMG2BITS);
|
||||
image[m] = ((imageint) (xbox + IMGMAX) & IMGMASK) |
|
||||
(((imageint) (ybox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMGBITS) |
|
||||
(((imageint) (zbox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMG2BITS);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
|
|
@ -60,7 +60,8 @@ enum{VERSION,SMALLINT,TAGINT,BIGINT,
|
|||
TRICLINIC,BOXLO,BOXHI,XY,XZ,YZ,
|
||||
SPECIAL_LJ,SPECIAL_COUL,
|
||||
MASS,PAIR,BOND,ANGLE,DIHEDRAL,IMPROPER,
|
||||
MULTIPROC,MPIIO,PROCSPERFILE,PERPROC};
|
||||
MULTIPROC,MPIIO,PROCSPERFILE,PERPROC,
|
||||
IMAGEINT};
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||||
|
||||
#define LB_FACTOR 1.1
|
||||
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||||
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@ -644,6 +645,10 @@ void ReadRestart::header(int incompatible)
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|||
int size = read_int();
|
||||
if (size != sizeof(smallint))
|
||||
error->all(FLERR,"Smallint setting in lmptype.h is not compatible");
|
||||
} else if (flag == IMAGEINT) {
|
||||
int size = read_int();
|
||||
if (size != sizeof(imageint))
|
||||
error->all(FLERR,"Imageint setting in lmptype.h is not compatible");
|
||||
} else if (flag == TAGINT) {
|
||||
int size = read_int();
|
||||
if (size != sizeof(tagint))
|
||||
|
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|
@ -258,7 +258,7 @@ void Replicate::command(int narg, char **arg)
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|||
AtomVec *avec = atom->avec;
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||||
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||||
int ix,iy,iz,atom_offset,mol_offset;
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||||
tagint image;
|
||||
imageint image;
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||||
double x[3],lamda[3];
|
||||
double *coord;
|
||||
int tag_enable = atom->tag_enable;
|
||||
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@ -279,8 +279,8 @@ void Replicate::command(int narg, char **arg)
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|||
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||||
m = 0;
|
||||
while (m < n) {
|
||||
image = ((tagint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((tagint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
image = ((imageint) IMGMAX << IMG2BITS) |
|
||||
((imageint) IMGMAX << IMGBITS) | IMGMAX;
|
||||
if (triclinic == 0) {
|
||||
x[0] = buf[m+1] + ix*old_xprd;
|
||||
x[1] = buf[m+2] + iy*old_yprd;
|
||||
|
|
|
@ -683,9 +683,9 @@ void Set::set(int keyword)
|
|||
if (ximageflag) xbox = ximage;
|
||||
if (yimageflag) ybox = yimage;
|
||||
if (zimageflag) zbox = zimage;
|
||||
atom->image[i] = ((tagint) (xbox + IMGMAX) & IMGMASK) |
|
||||
(((tagint) (ybox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMGBITS) |
|
||||
(((tagint) (zbox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMG2BITS);
|
||||
atom->image[i] = ((imageint) (xbox + IMGMAX) & IMGMASK) |
|
||||
(((imageint) (ybox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMGBITS) |
|
||||
(((imageint) (zbox + IMGMAX) & IMGMASK) << IMG2BITS);
|
||||
}
|
||||
|
||||
// set value for custom integer or double vector
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||||
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@ -736,7 +736,7 @@ void Velocity::zero_rotation()
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|||
double **x = atom->x;
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||||
double **v = atom->v;
|
||||
int *mask = atom->mask;
|
||||
tagint *image = atom->image;
|
||||
imageint *image = atom->image;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
double dx,dy,dz;
|
||||
|
|
|
@ -59,7 +59,8 @@ enum{VERSION,SMALLINT,TAGINT,BIGINT,
|
|||
TRICLINIC,BOXLO,BOXHI,XY,XZ,YZ,
|
||||
SPECIAL_LJ,SPECIAL_COUL,
|
||||
MASS,PAIR,BOND,ANGLE,DIHEDRAL,IMPROPER,
|
||||
MULTIPROC,MPIIO,PROCSPERFILE,PERPROC};
|
||||
MULTIPROC,MPIIO,PROCSPERFILE,PERPROC,
|
||||
IMAGEINT};
|
||||
|
||||
enum{IGNORE,WARN,ERROR}; // same as thermo.cpp
|
||||
|
||||
|
@ -435,6 +436,7 @@ void WriteRestart::header()
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|||
{
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||||
write_string(VERSION,universe->version);
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||||
write_int(SMALLINT,sizeof(smallint));
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||||
write_int(IMAGEINT,sizeof(imageint));
|
||||
write_int(TAGINT,sizeof(tagint));
|
||||
write_int(BIGINT,sizeof(bigint));
|
||||
write_string(UNITS,update->unit_style);
|
||||
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