forked from lijiext/lammps
git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@3551 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa
This commit is contained in:
sjplimp
parent
664fa43717
commit
823cbd55b3
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@ -0,0 +1,202 @@
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/* ----------------------------------------------------------------------
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LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
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http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
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Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
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Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
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DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
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certain rights in this software. This software is distributed under
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the GNU General Public License.
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See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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------------------------------------------------------------------------- */
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/* ----------------------------------------------------------------------
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Contributing authors: Paul Crozier (SNL), Jeff Greathouse (SNL)
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------------------------------------------------------------------------- */
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#include "mpi.h"
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#include "math.h"
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#include "stdlib.h"
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#include "compute_rdf.h"
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#include "atom.h"
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#include "update.h"
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#include "force.h"
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#include "pair.h"
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#include "neighbor.h"
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#include "neigh_request.h"
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#include "neigh_list.h"
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#include "group.h"
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#include "memory.h"
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#include "error.h"
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using namespace LAMMPS_NS;
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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ComputeRDF::ComputeRDF(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
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Compute(lmp, narg, arg)
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{
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if (narg < 8 || (narg-6) % 2) error->all("Illegal compute rdf command");
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array_flag = 1;
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size_array_rows = 1;
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size_array_cols = 1;
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extarray = 1;
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maxbin = atoi(arg[5]);
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npairs = 0;
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rdfpair = memory->create_2d_int_array(atom->ntypes+1,atom->ntypes+1,
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"rdf:rdfpair");
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for (int i = 1; i <= atom->ntypes; i++)
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for (int j = 1; j <= atom->ntypes; j++)
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rdfpair[i][j] = 0;
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int itype,jtype;
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for (int i = 6; i < narg; i += 2) {
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itype = atoi(arg[i]);
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jtype = atoi(arg[i+1]);
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if (itype < 1 || jtype < 1 || itype > atom->ntypes || jtype > atom->ntypes)
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error->all("Invalid atom type in compute rdf command");
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npairs++;
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rdfpair[itype][jtype] = npairs;
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}
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hist = memory->create_2d_double_array(maxbin,npairs+1,"rdf:hist");
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array = memory->create_2d_double_array(maxbin,npairs+1,"rdf:array");
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int *nrdfatom = new int[atom->ntypes+1];
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for (int i = 1; i <= atom->ntypes; i++) nrdfatom[i] = 0;
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int *mask = atom->mask;
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int *type = atom->type;
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int nlocal = atom->nlocal;
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for (int i = 0; i < nlocal; i++)
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if (mask[i] & groupbit) nrdfatom[type[i]]++;
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nrdfatoms = new int[atom->ntypes+1];
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|
MPI_Allreduce(&nrdfatom[1],&nrdfatoms[1],atom->ntypes,MPI_INT,MPI_SUM,world);
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delete [] nrdfatom;
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}
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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ComputeRDF::~ComputeRDF()
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{
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memory->destroy_2d_int_array(rdfpair);
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memory->destroy_2d_double_array(hist);
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|
delete [] nrdfatoms;
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}
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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void ComputeRDF::init()
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{
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if (force->pair) delr = force->pair->cutforce / maxbin;
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else error->all("Compute rdf requires a pair style be defined");
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delrinv = 1.0/delr;
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// need an occasional half neighbor list
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int irequest = neighbor->request((void *) this);
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neighbor->requests[irequest]->pair = 0;
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neighbor->requests[irequest]->compute = 1;
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|
neighbor->requests[irequest]->occasional = 1;
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}
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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void ComputeRDF::init_list(int id, NeighList *ptr)
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{
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list = ptr;
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}
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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void ComputeRDF::compute_array()
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{
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invoked_array = update->ntimestep;
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double **x = atom->x;
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int *mask = atom->mask;
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int nlocal = atom->nlocal;
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int *type = atom->type;
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double *special_coul = force->special_coul;
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double *special_lj = force->special_lj;
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int nall = atom->nlocal + atom->nghost;
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int newton_pair = force->newton_pair;
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int i,j,ii,jj,inum,jnum,itype,jtype,ipair,jpair,bin;
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double xtmp,ytmp,ztmp,delx,dely,delz,r;
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int *ilist,*jlist,*numneigh,**firstneigh;
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// invoke half neighbor list (will copy or build if necessary)
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neighbor->build_one(list->index);
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inum = list->inum;
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ilist = list->ilist;
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numneigh = list->numneigh;
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firstneigh = list->firstneigh;
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// zero the histogram counts
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for (int i = 0; i < maxbin; i++)
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for (int j = 0; j < npairs; j++)
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hist[i][j] = 0;
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// tally the RDF
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// both atom i and j must be in fix group
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// itype,jtype must have been specified by user
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// weighting factor must be != 0.0 for this pair
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// could be 0 and still be in neigh list for long-range Coulombics
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// count the interaction once even if neighbor pair is stored on 2 procs
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// if itype = jtype, count the interaction twice
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for (ii = 0; ii < inum; ii++) {
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i = ilist[ii];
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if (mask[i] & groupbit) {
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xtmp = x[i][0];
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ytmp = x[i][1];
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ztmp = x[i][2];
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itype = type[i];
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jlist = firstneigh[i];
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jnum = numneigh[i];
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for (jj = 0; jj < jnum; jj++) {
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j = jlist[jj];
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if (j >= nall) {
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if (special_coul[j/nall] == 0.0 && special_lj[j/nall] == 0.0)
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continue;
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j %= nall;
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}
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if (mask[j] & groupbit) {
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jtype = type[j];
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ipair = rdfpair[itype][jtype];
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jpair = rdfpair[jtype][itype];
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if (!ipair && !jpair) continue;
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delx = xtmp - x[j][0];
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dely = ytmp - x[j][1];
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delz = ztmp - x[j][2];
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r = sqrt(delx*delx + dely*dely + delz*delz);
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bin = static_cast<int> (r*delrinv);
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if (bin >= maxbin) continue;
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if (ipair) hist[bin][ipair-1]++;
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if (newton_pair || j < nlocal)
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if (jpair) hist[bin][jpair-1]++;
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}
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|
}
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|
}
|
||||||
|
}
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// sum histogram across procs
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|
MPI_Allreduce(hist[0],array[0],maxbin*npairs,MPI_DOUBLE,MPI_SUM,world);
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}
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@ -11,27 +11,31 @@
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||||||
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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------------------------------------------------------------------------- */
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------------------------------------------------------------------------- */
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#ifndef FIX_COM_H
|
#ifndef COMPUTE_RDF_H
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#define FIX_COM_H
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#define COMPUTE_RDF_H
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#include "stdio.h"
|
#include "stdio.h"
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||||||
#include "fix.h"
|
#include "compute.h"
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||||||
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||||||
namespace LAMMPS_NS {
|
namespace LAMMPS_NS {
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||||||
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class FixCOM : public Fix {
|
class ComputeRDF : public Compute {
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public:
|
public:
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FixCOM(class LAMMPS *, int, char **);
|
ComputeRDF(class LAMMPS *, int, char **);
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~FixCOM();
|
~ComputeRDF();
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int setmask();
|
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||||||
void init();
|
void init();
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void setup(int);
|
void init_list(int, class NeighList *);
|
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void end_of_step();
|
void compute_array();
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|
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private:
|
private:
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int me,first;
|
int first;
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FILE *fp;
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int maxbin; // # of rdf bins
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double masstotal;
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int npairs; // # of rdf pairs
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double delr,delrinv; // bin width and its inverse
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int **rdfpair; // mapping from 2 types to rdf pair
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||||||
|
double **hist; // histogram bins
|
||||||
|
int *nrdfatoms; // # of atoms of each type in the group
|
||||||
|
class NeighList *list; // half neighbor list
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
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@ -1,92 +0,0 @@
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/* ----------------------------------------------------------------------
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LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
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http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
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Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
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Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
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DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
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certain rights in this software. This software is distributed under
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the GNU General Public License.
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See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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------------------------------------------------------------------------- */
|
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||||||
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|
||||||
#include "stdlib.h"
|
|
||||||
#include "fix_com.h"
|
|
||||||
#include "atom.h"
|
|
||||||
#include "update.h"
|
|
||||||
#include "domain.h"
|
|
||||||
#include "group.h"
|
|
||||||
#include "error.h"
|
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||||||
|
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||||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
|
||||||
|
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||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
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||||||
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||||||
FixCOM::FixCOM(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
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||||||
Fix(lmp, narg, arg)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (narg != 5) error->all("Illegal fix com command");
|
|
||||||
nevery = atoi(arg[3]);
|
|
||||||
if (nevery <= 0) error->all("Illegal fix com command");
|
|
||||||
first = 1;
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI_Comm_rank(world,&me);
|
|
||||||
if (me == 0) {
|
|
||||||
fp = fopen(arg[4],"w");
|
|
||||||
if (fp == NULL) {
|
|
||||||
char str[128];
|
|
||||||
sprintf(str,"Cannot open fix com file %s",arg[4]);
|
|
||||||
error->one(str);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (me == 0) {
|
|
||||||
fprintf(fp,"# Center-of-mass for group %s\n",group->names[igroup]);
|
|
||||||
fprintf(fp,"# TimeStep x y z\n");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
FixCOM::~FixCOM()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (me == 0) fclose(fp);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
int FixCOM::setmask()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
int mask = 0;
|
|
||||||
mask |= END_OF_STEP;
|
|
||||||
return mask;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void FixCOM::init()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
masstotal = group->mass(igroup);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void FixCOM::setup(int vflag)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (first) end_of_step();
|
|
||||||
first = 0;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void FixCOM::end_of_step()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
double xcm[3];
|
|
||||||
group->xcm(igroup,masstotal,xcm);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (me == 0) {
|
|
||||||
fprintf(fp,"%d %g %g %g\n",update->ntimestep,xcm[0],xcm[1],xcm[2]);
|
|
||||||
fflush(fp);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
@ -1,93 +0,0 @@
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
|
|
||||||
http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
|
|
||||||
Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
|
|
||||||
|
|
||||||
Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
|
|
||||||
DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
|
|
||||||
certain rights in this software. This software is distributed under
|
|
||||||
the GNU General Public License.
|
|
||||||
|
|
||||||
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
#include "stdlib.h"
|
|
||||||
#include "fix_gyration.h"
|
|
||||||
#include "atom.h"
|
|
||||||
#include "update.h"
|
|
||||||
#include "domain.h"
|
|
||||||
#include "group.h"
|
|
||||||
#include "error.h"
|
|
||||||
|
|
||||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
FixGyration::FixGyration(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
|
|
||||||
Fix(lmp, narg, arg)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (narg != 5) error->all("Illegal fix gyration command");
|
|
||||||
nevery = atoi(arg[3]);
|
|
||||||
if (nevery <= 0) error->all("Illegal fix gyration command");
|
|
||||||
first = 1;
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI_Comm_rank(world,&me);
|
|
||||||
if (me == 0) {
|
|
||||||
fp = fopen(arg[4],"w");
|
|
||||||
if (fp == NULL) {
|
|
||||||
char str[128];
|
|
||||||
sprintf(str,"Cannot open fix gyration file %s",arg[4]);
|
|
||||||
error->one(str);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (me == 0) {
|
|
||||||
fprintf(fp,"# Radius-of-gyration for group %s\n",group->names[igroup]);
|
|
||||||
fprintf(fp,"# TimeStep Rg\n");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
FixGyration::~FixGyration()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (me == 0) fclose(fp);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
int FixGyration::setmask()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
int mask = 0;
|
|
||||||
mask |= END_OF_STEP;
|
|
||||||
return mask;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void FixGyration::init()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
masstotal = group->mass(igroup);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void FixGyration::setup(int vflag)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (first) end_of_step();
|
|
||||||
first = 0;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void FixGyration::end_of_step()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
double xcm[3];
|
|
||||||
group->xcm(igroup,masstotal,xcm);
|
|
||||||
double rg = group->gyration(igroup,masstotal,xcm);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (me == 0) {
|
|
||||||
fprintf(fp,"%d %g\n",update->ntimestep,rg);
|
|
||||||
fflush(fp);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
@ -1,39 +0,0 @@
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
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LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
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http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
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Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
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Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
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DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
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certain rights in this software. This software is distributed under
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the GNU General Public License.
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See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
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||||||
#ifndef FIX_GYRATION_H
|
|
||||||
#define FIX_GYRATION_H
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||||||
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||||||
#include "stdio.h"
|
|
||||||
#include "fix.h"
|
|
||||||
|
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||||||
namespace LAMMPS_NS {
|
|
||||||
|
|
||||||
class FixGyration : public Fix {
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||||||
public:
|
|
||||||
FixGyration(class LAMMPS *, int, char **);
|
|
||||||
~FixGyration();
|
|
||||||
int setmask();
|
|
||||||
void init();
|
|
||||||
void setup(int);
|
|
||||||
void end_of_step();
|
|
||||||
|
|
||||||
private:
|
|
||||||
int me,first;
|
|
||||||
FILE *fp;
|
|
||||||
double masstotal;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
355
src/fix_msd.cpp
355
src/fix_msd.cpp
|
|
@ -1,355 +0,0 @@
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
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||||||
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
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||||||
http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
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||||||
Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
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||||||
Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
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DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
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||||||
certain rights in this software. This software is distributed under
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||||||
the GNU General Public License.
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||||||
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||||||
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
#include "stdlib.h"
|
|
||||||
#include "string.h"
|
|
||||||
#include "fix_msd.h"
|
|
||||||
#include "atom.h"
|
|
||||||
#include "update.h"
|
|
||||||
#include "domain.h"
|
|
||||||
#include "group.h"
|
|
||||||
#include "modify.h"
|
|
||||||
#include "memory.h"
|
|
||||||
#include "error.h"
|
|
||||||
|
|
||||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
FixMSD::FixMSD(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
|
|
||||||
Fix(lmp, narg, arg)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (narg < 5) error->all("Illegal fix msd command");
|
|
||||||
nevery = atoi(arg[3]);
|
|
||||||
if (nevery <= 0) error->all("Illegal fix msd command");
|
|
||||||
first = 1;
|
|
||||||
restart_peratom = 1;
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI_Comm_rank(world,&me);
|
|
||||||
if (me == 0) {
|
|
||||||
fp = fopen(arg[4],"w");
|
|
||||||
if (fp == NULL) {
|
|
||||||
char str[128];
|
|
||||||
sprintf(str,"Cannot open fix msd file %s",arg[4]);
|
|
||||||
error->one(str);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (me == 0) {
|
|
||||||
fprintf(fp,"# Mean-squared Displacement for group %s\n",
|
|
||||||
group->names[igroup]);
|
|
||||||
fprintf(fp,"# TimeStep x y z total\n");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// optional args
|
|
||||||
|
|
||||||
comflag = 0;
|
|
||||||
|
|
||||||
int iarg = 5;
|
|
||||||
while (iarg < narg) {
|
|
||||||
if (strcmp(arg[iarg],"com") == 0) {
|
|
||||||
if (iarg+2 > narg) error->all("Illegal fix msd command");
|
|
||||||
if (strcmp(arg[iarg+1],"no") == 0) comflag = 0;
|
|
||||||
else if (strcmp(arg[iarg+1],"yes") == 0) comflag = 1;
|
|
||||||
else error->all("Illegal fix msd command");
|
|
||||||
iarg += 2;
|
|
||||||
} else error->all("Illegal fix msd command");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// perform initial allocation of atom-based array
|
|
||||||
// register with Atom class
|
|
||||||
|
|
||||||
xoriginal = NULL;
|
|
||||||
grow_arrays(atom->nmax);
|
|
||||||
atom->add_callback(0);
|
|
||||||
atom->add_callback(1);
|
|
||||||
|
|
||||||
// cm = original center of mass
|
|
||||||
|
|
||||||
double cm[3];
|
|
||||||
|
|
||||||
if (comflag) {
|
|
||||||
masstotal = group->mass(igroup);
|
|
||||||
group->xcm(igroup,masstotal,cm);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// xoriginal = initial unwrapped positions of atoms
|
|
||||||
// relative to center of mass if comflag is set
|
|
||||||
|
|
||||||
double **x = atom->x;
|
|
||||||
int *mask = atom->mask;
|
|
||||||
int *image = atom->image;
|
|
||||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
|
||||||
|
|
||||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit) {
|
|
||||||
domain->unmap(x[i],image[i],xoriginal[i]);
|
|
||||||
if (comflag) {
|
|
||||||
xoriginal[i][0] -= cm[0];
|
|
||||||
xoriginal[i][1] -= cm[1];
|
|
||||||
xoriginal[i][2] -= cm[2];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else xoriginal[i][0] = xoriginal[i][1] = xoriginal[i][2] = 0.0;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// nmsd = # of atoms in group
|
|
||||||
|
|
||||||
nmsd = 0;
|
|
||||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++)
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit) nmsd++;
|
|
||||||
|
|
||||||
int nmsd_all;
|
|
||||||
MPI_Allreduce(&nmsd,&nmsd_all,1,MPI_INT,MPI_SUM,world);
|
|
||||||
nmsd = nmsd_all;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (nmsd == 0) error->all("Fix msd group has no atoms");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
FixMSD::~FixMSD()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (me == 0) fclose(fp);
|
|
||||||
|
|
||||||
// unregister callbacks to this fix from Atom class
|
|
||||||
|
|
||||||
atom->delete_callback(id,0);
|
|
||||||
atom->delete_callback(id,1);
|
|
||||||
|
|
||||||
// delete locally stored array
|
|
||||||
|
|
||||||
memory->destroy_2d_double_array(xoriginal);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
int FixMSD::setmask()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
int mask = 0;
|
|
||||||
mask |= END_OF_STEP;
|
|
||||||
return mask;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void FixMSD::init()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// warn if more than one msd fix
|
|
||||||
|
|
||||||
int count = 0;
|
|
||||||
for (int i = 0; i < modify->nfix; i++)
|
|
||||||
if (strcmp(modify->fix[i]->style,"msd") == 0) count++;
|
|
||||||
if (count > 1 && me == 0) error->warning("More than one fix msd");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void FixMSD::setup(int vflag)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (first) end_of_step();
|
|
||||||
first = 0;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void FixMSD::end_of_step()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// cm = current center of mass
|
|
||||||
|
|
||||||
double cm[3];
|
|
||||||
|
|
||||||
if (comflag) {
|
|
||||||
group->mass(igroup);
|
|
||||||
group->xcm(igroup,masstotal,cm);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
double **x = atom->x;
|
|
||||||
int *mask = atom->mask;
|
|
||||||
int *image = atom->image;
|
|
||||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
|
||||||
|
|
||||||
double *h = domain->h;
|
|
||||||
double xprd = domain->xprd;
|
|
||||||
double yprd = domain->yprd;
|
|
||||||
double zprd = domain->zprd;
|
|
||||||
int xbox,ybox,zbox;
|
|
||||||
double dx,dy,dz;
|
|
||||||
double msd[4];
|
|
||||||
msd[0] = msd[1] = msd[2] = msd[3] = 0.0;
|
|
||||||
|
|
||||||
// dx,dy,dz = displacement of atom from original position
|
|
||||||
// relative to center of mass if comflag is set
|
|
||||||
// for triclinic, need to unwrap current atom coord via h matrix
|
|
||||||
|
|
||||||
if (domain->triclinic == 0) {
|
|
||||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++)
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit) {
|
|
||||||
xbox = (image[i] & 1023) - 512;
|
|
||||||
ybox = (image[i] >> 10 & 1023) - 512;
|
|
||||||
zbox = (image[i] >> 20) - 512;
|
|
||||||
if (comflag) {
|
|
||||||
dx = x[i][0] + xbox*xprd - cm[0] - xoriginal[i][0];
|
|
||||||
dy = x[i][1] + ybox*yprd - cm[1] - xoriginal[i][1];
|
|
||||||
dz = x[i][2] + zbox*zprd - cm[2] - xoriginal[i][2];
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
dx = x[i][0] + xbox*xprd - xoriginal[i][0];
|
|
||||||
dy = x[i][1] + ybox*yprd - xoriginal[i][1];
|
|
||||||
dz = x[i][2] + zbox*zprd - xoriginal[i][2];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
msd[0] += dx*dx;
|
|
||||||
msd[1] += dy*dy;
|
|
||||||
msd[2] += dz*dz;
|
|
||||||
msd[3] += dx*dx + dy*dy + dz*dz;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++)
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit) {
|
|
||||||
xbox = (image[i] & 1023) - 512;
|
|
||||||
ybox = (image[i] >> 10 & 1023) - 512;
|
|
||||||
zbox = (image[i] >> 20) - 512;
|
|
||||||
if (comflag) {
|
|
||||||
dx = x[i][0] + h[0]*xbox + h[5]*ybox + h[4]*zbox -
|
|
||||||
cm[0] - xoriginal[i][0];
|
|
||||||
dy = x[i][1] + h[1]*ybox + h[3]*zbox - cm[1] - xoriginal[i][1];
|
|
||||||
dz = x[i][2] + h[2]*zbox - cm[2] - xoriginal[i][2];
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
dx = x[i][0] + h[0]*xbox + h[5]*ybox + h[4]*zbox - xoriginal[i][0];
|
|
||||||
dy = x[i][1] + h[1]*ybox + h[3]*zbox - xoriginal[i][1];
|
|
||||||
dz = x[i][2] + h[2]*zbox - xoriginal[i][2];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
msd[0] += dx*dx;
|
|
||||||
msd[1] += dy*dy;
|
|
||||||
msd[2] += dz*dz;
|
|
||||||
msd[3] += dx*dx + dy*dy + dz*dz;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
double msd_all[4];
|
|
||||||
MPI_Allreduce(msd,msd_all,4,MPI_DOUBLE,MPI_SUM,world);
|
|
||||||
msd_all[0] /= nmsd;
|
|
||||||
msd_all[1] /= nmsd;
|
|
||||||
msd_all[2] /= nmsd;
|
|
||||||
msd_all[3] /= nmsd;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (me == 0) {
|
|
||||||
fprintf(fp,"%d %g %g %g %g\n",update->ntimestep,
|
|
||||||
msd_all[0],msd_all[1],msd_all[2],msd_all[3]);
|
|
||||||
fflush(fp);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
memory usage of local atom-based array
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
double FixMSD::memory_usage()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
double bytes = atom->nmax*3 * sizeof(double);
|
|
||||||
return bytes;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
allocate atom-based array
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void FixMSD::grow_arrays(int nmax)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
xoriginal =
|
|
||||||
memory->grow_2d_double_array(xoriginal,nmax,3,"msd:xoriginal");
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
copy values within local atom-based array
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void FixMSD::copy_arrays(int i, int j)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
xoriginal[j][0] = xoriginal[i][0];
|
|
||||||
xoriginal[j][1] = xoriginal[i][1];
|
|
||||||
xoriginal[j][2] = xoriginal[i][2];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
pack values in local atom-based array for exchange with another proc
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
int FixMSD::pack_exchange(int i, double *buf)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
buf[0] = xoriginal[i][0];
|
|
||||||
buf[1] = xoriginal[i][1];
|
|
||||||
buf[2] = xoriginal[i][2];
|
|
||||||
return 3;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
unpack values in local atom-based array from exchange with another proc
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
int FixMSD::unpack_exchange(int nlocal, double *buf)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
xoriginal[nlocal][0] = buf[0];
|
|
||||||
xoriginal[nlocal][1] = buf[1];
|
|
||||||
xoriginal[nlocal][2] = buf[2];
|
|
||||||
return 3;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
pack values in local atom-based arrays for restart file
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
int FixMSD::pack_restart(int i, double *buf)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
buf[0] = 4;
|
|
||||||
buf[1] = xoriginal[i][0];
|
|
||||||
buf[2] = xoriginal[i][1];
|
|
||||||
buf[3] = xoriginal[i][2];
|
|
||||||
return 4;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
unpack values from atom->extra array to restart the fix
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
void FixMSD::unpack_restart(int nlocal, int nth)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
double **extra = atom->extra;
|
|
||||||
|
|
||||||
// skip to Nth set of extra values
|
|
||||||
|
|
||||||
int m = 0;
|
|
||||||
for (int i = 0; i < nth; i++) m += static_cast<int> (extra[nlocal][m]);
|
|
||||||
m++;
|
|
||||||
|
|
||||||
xoriginal[nlocal][0] = extra[nlocal][m++];
|
|
||||||
xoriginal[nlocal][1] = extra[nlocal][m++];
|
|
||||||
xoriginal[nlocal][2] = extra[nlocal][m++];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
maxsize of any atom's restart data
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
int FixMSD::maxsize_restart()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return 4;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
size of atom nlocal's restart data
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
int FixMSD::size_restart(int nlocal)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return 4;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
@ -1,52 +0,0 @@
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
|
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||||||
http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
|
|
||||||
Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
|
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||||||
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||||||
Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
|
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||||||
DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
|
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||||||
certain rights in this software. This software is distributed under
|
|
||||||
the GNU General Public License.
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|
||||||
|
|
||||||
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
|
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
|
||||||
|
|
||||||
#ifndef FIX_MSD_H
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#define FIX_MSD_H
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#include "stdio.h"
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#include "fix.h"
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namespace LAMMPS_NS {
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class FixMSD : public Fix {
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public:
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FixMSD(class LAMMPS *, int, char **);
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~FixMSD();
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int setmask();
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void init();
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void setup(int);
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void end_of_step();
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double memory_usage();
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void grow_arrays(int);
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void copy_arrays(int, int);
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int pack_exchange(int, double *);
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int unpack_exchange(int, double *);
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int pack_restart(int, double *);
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void unpack_restart(int, int);
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int size_restart(int);
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int maxsize_restart();
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private:
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int me,first,comflag;
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FILE *fp;
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double masstotal;
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int nmsd; // # of atoms in group
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double **xoriginal; // original coords of atoms
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};
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}
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#endif
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@ -90,6 +90,7 @@ CommandStyle(write_restart,WriteRestart)
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#include "compute_pe.h"
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#include "compute_pe.h"
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#include "compute_pe_atom.h"
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#include "compute_pe_atom.h"
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#include "compute_pressure.h"
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#include "compute_pressure.h"
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#include "compute_rdf.h"
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#include "compute_reduce.h"
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#include "compute_reduce.h"
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#include "compute_reduce_region.h"
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#include "compute_reduce_region.h"
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#include "compute_erotate_sphere.h"
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#include "compute_erotate_sphere.h"
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@ -120,6 +121,7 @@ ComputeStyle(msd,ComputeMSD)
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ComputeStyle(pe,ComputePE)
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ComputeStyle(pe,ComputePE)
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ComputeStyle(pe/atom,ComputePEAtom)
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ComputeStyle(pe/atom,ComputePEAtom)
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ComputeStyle(pressure,ComputePressure)
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ComputeStyle(pressure,ComputePressure)
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ComputeStyle(rdf,ComputeRDF)
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ComputeStyle(reduce,ComputeReduce)
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ComputeStyle(reduce,ComputeReduce)
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ComputeStyle(reduce/region,ComputeReduceRegion)
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ComputeStyle(reduce/region,ComputeReduceRegion)
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ComputeStyle(erotate/sphere,ComputeERotateSphere)
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ComputeStyle(erotate/sphere,ComputeERotateSphere)
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@ -165,7 +167,6 @@ DumpStyle(xyz,DumpXYZ)
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#include "fix_ave_spatial.h"
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#include "fix_ave_spatial.h"
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#include "fix_ave_time.h"
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#include "fix_ave_time.h"
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#include "fix_box_relax.h"
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#include "fix_box_relax.h"
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#include "fix_com.h"
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#include "fix_coord_original.h"
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#include "fix_coord_original.h"
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#include "fix_deform.h"
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#include "fix_deform.h"
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#include "fix_deposit.h"
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#include "fix_deposit.h"
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@ -175,13 +176,11 @@ DumpStyle(xyz,DumpXYZ)
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#include "fix_enforce2d.h"
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#include "fix_enforce2d.h"
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#include "fix_evaporate.h"
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#include "fix_evaporate.h"
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#include "fix_gravity.h"
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#include "fix_gravity.h"
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#include "fix_gyration.h"
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#include "fix_heat.h"
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#include "fix_heat.h"
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#include "fix_indent.h"
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#include "fix_indent.h"
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#include "fix_langevin.h"
|
#include "fix_langevin.h"
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#include "fix_lineforce.h"
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#include "fix_lineforce.h"
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#include "fix_minimize.h"
|
#include "fix_minimize.h"
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#include "fix_msd.h"
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#include "fix_momentum.h"
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#include "fix_momentum.h"
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#include "fix_move.h"
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#include "fix_move.h"
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#include "fix_nph.h"
|
#include "fix_nph.h"
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@ -228,7 +227,6 @@ FixStyle(ave/histo,FixAveHisto)
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FixStyle(ave/spatial,FixAveSpatial)
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FixStyle(ave/spatial,FixAveSpatial)
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FixStyle(ave/time,FixAveTime)
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FixStyle(ave/time,FixAveTime)
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FixStyle(box/relax,FixBoxRelax)
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FixStyle(box/relax,FixBoxRelax)
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FixStyle(com,FixCOM)
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FixStyle(coord/original,FixCoordOriginal)
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FixStyle(coord/original,FixCoordOriginal)
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FixStyle(deform,FixDeform)
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FixStyle(deform,FixDeform)
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FixStyle(deposit,FixDeposit)
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FixStyle(deposit,FixDeposit)
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@ -238,7 +236,6 @@ FixStyle(efield,FixEfield)
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FixStyle(enforce2d,FixEnforce2D)
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FixStyle(enforce2d,FixEnforce2D)
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FixStyle(evaporate,FixEvaporate)
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FixStyle(evaporate,FixEvaporate)
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FixStyle(gravity,FixGravity)
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FixStyle(gravity,FixGravity)
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FixStyle(gyration,FixGyration)
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FixStyle(heat,FixHeat)
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FixStyle(heat,FixHeat)
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FixStyle(indent,FixIndent)
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FixStyle(indent,FixIndent)
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FixStyle(langevin,FixLangevin)
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FixStyle(langevin,FixLangevin)
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@ -246,7 +243,6 @@ FixStyle(lineforce,FixLineForce)
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FixStyle(MINIMIZE,FixMinimize)
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FixStyle(MINIMIZE,FixMinimize)
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FixStyle(momentum,FixMomentum)
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FixStyle(momentum,FixMomentum)
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FixStyle(move,FixMove)
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FixStyle(move,FixMove)
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FixStyle(msd,FixMSD)
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FixStyle(nph,FixNPH)
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FixStyle(nph,FixNPH)
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FixStyle(npt,FixNPT)
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FixStyle(npt,FixNPT)
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FixStyle(npt/sphere,FixNPTSphere)
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FixStyle(npt/sphere,FixNPTSphere)
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