forked from lijiext/lammps
git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@8401 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa
This commit is contained in:
sjplimp
parent
231647f0f5
commit
5a78b33db7
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@ -163,9 +163,9 @@ PairBOP::~PairBOP()
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int i;
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||||
if(allocated) {
|
||||
memory_theta_destroy();
|
||||
if(otfly==0)
|
||||
memory->destroy(cos_index);
|
||||
if (otfly==0) memory->destroy(cos_index);
|
||||
delete [] map;
|
||||
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||||
memory->destroy(BOP_index);
|
||||
memory->destroy(rcut);
|
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memory->destroy(dr);
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||||
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@ -300,51 +300,34 @@ void PairBOP::compute(int eflag, int vflag)
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if (eflag || vflag) ev_setup(eflag,vflag);
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||||
else evflag = vflag_fdotr = 0;
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// BOP Neighbor lists must be updated every time
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||||
// atoms are moved between processors
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||||
// BOP Neighbor lists must be updated every time
|
||||
// atoms are moved between processors
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||||
if((ago ==0)||bop_step==0||(ago>=delay&&(ago%every)==0)||(nall>maxnall))
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||||
{
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gneigh();
|
||||
}
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||||
if ((ago ==0)||bop_step==0||(ago>=delay&&(ago%every)==0)||(nall>maxnall))
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||||
gneigh();
|
||||
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||||
// For non on the fly calculations cos and derivatives
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||||
// are calculated in advance and stored
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||||
// For non on the fly calculations cos and derivatives
|
||||
// are calculated in advance and stored
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||||
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||||
if(otfly==0) {
|
||||
theta();
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
theta_mod();
|
||||
}
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||||
if(otfly==0) theta();
|
||||
else theta_mod();
|
||||
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||||
// Calculate Sigma Bond-Order
|
||||
// Calculate Sigma Bond-Order
|
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if(a_flag==1) {
|
||||
if(otfly==0) {
|
||||
sigmaBo_noa();
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
sigmaBo_noa_otf();
|
||||
}
|
||||
if (otfly==0) sigmaBo_noa();
|
||||
else sigmaBo_noa_otf();
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
if(otfly==0) {
|
||||
sigmaBo();
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
sigmaBo_otf();
|
||||
}
|
||||
if (otfly==0) sigmaBo();
|
||||
else sigmaBo_otf();
|
||||
}
|
||||
|
||||
// Calculate Pi Bond-Order
|
||||
// Calculate Pi Bond-Order
|
||||
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||||
if (otfly==0) PiBo();
|
||||
else PiBo_otf();
|
||||
|
||||
if(otfly==0) {
|
||||
PiBo();
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
PiBo_otf();
|
||||
}
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n=0;
|
||||
totE=0;
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||||
for (ii = 0; ii < inum; ii++) {
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||||
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@ -380,8 +363,8 @@ void PairBOP::compute(int eflag, int vflag)
|
|||
f[j][1]=f[j][1]-ftmp2;
|
||||
f[j][2]=f[j][2]-ftmp3;
|
||||
|
||||
//add repulsive and bond order components to total energy
|
||||
//(d) Eq.1
|
||||
// add repulsive and bond order components to total energy
|
||||
// (d) Eq.1
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||||
|
||||
dE=-2.0*betaS[temp_ij]*sigB[n]-2.0*betaP[temp_ij]*piB[n];
|
||||
totE+=dE+repul[temp_ij];
|
||||
|
|
@ -440,8 +423,8 @@ void PairBOP::compute(int eflag, int vflag)
|
|||
f[j][1]=f[j][1]-ftmp2;
|
||||
f[j][2]=f[j][2]-ftmp3;
|
||||
|
||||
//add repulsive and bond order components to total energy
|
||||
//(d) Eq. 1
|
||||
// add repulsive and bond order components to total energy
|
||||
// (d) Eq. 1
|
||||
|
||||
dE=-2.0*betaS_ij*sigB[n]-2.0*betaP_ij*piB[n];
|
||||
totE+=dE+repul_ij;
|
||||
|
|
@ -457,8 +440,9 @@ void PairBOP::compute(int eflag, int vflag)
|
|||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (vflag_fdotr) virial_fdotr_compute();
|
||||
bop_step=1;
|
||||
bop_step = 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
|
|
@ -512,7 +496,28 @@ void PairBOP::allocate()
|
|||
|
||||
void PairBOP::settings(int narg, char **arg)
|
||||
{
|
||||
if(narg!=0) error->all (FLERR,"Illegal pair_style command");
|
||||
if (narg < 1) error->all(FLERR,"Illegal pair_style command");
|
||||
|
||||
// NOTE: where is this used - didn't see it even read in your code
|
||||
double cutoff = atof(arg[0]);
|
||||
|
||||
table = 0;
|
||||
otfly = 1;
|
||||
a_flag = 0;
|
||||
|
||||
int iarg = 1;
|
||||
while (iarg < narg) {
|
||||
if (strcmp(arg[iarg],"table") == 0) {
|
||||
table = 1;
|
||||
iarg++;
|
||||
} else if (strcmp(arg[iarg],"save") == 0) {
|
||||
otfly = 0;
|
||||
iarg++;
|
||||
} else if (strcmp(arg[iarg],"sigmaoff") == 0) {
|
||||
a_flag = 1;
|
||||
iarg++;
|
||||
} else error->all(FLERR,"Illegal pair_style command");
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
|
|
@ -525,12 +530,18 @@ void PairBOP::coeff(int narg, char **arg)
|
|||
MPI_Comm_rank(world,&me);
|
||||
map = new int[atom->ntypes+1];
|
||||
|
||||
//These are predefined for use when generating table
|
||||
//If tables are being read in they can be changed
|
||||
|
||||
if (narg < 3 + atom->ntypes)
|
||||
error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
|
||||
|
||||
// ensure I,J args are * *
|
||||
|
||||
if (strcmp(arg[0],"*") != 0 || strcmp(arg[1],"*") != 0)
|
||||
error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
|
||||
|
||||
// read the potential file
|
||||
|
||||
nr=2000;
|
||||
nBOt=2000;
|
||||
table=0;
|
||||
bop_step=0;
|
||||
nb_pi=0;
|
||||
nb_sg=0;
|
||||
|
|
@ -538,106 +549,58 @@ void PairBOP::coeff(int narg, char **arg)
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|||
allocate_pi=0;
|
||||
allocate_neigh=0;
|
||||
update_list=0;
|
||||
a_flag=0;
|
||||
|
||||
if (narg < 5 + atom->ntypes || narg > 7 + atom->ntypes)
|
||||
error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients first");
|
||||
if (table == 0) read_file(arg[2]);
|
||||
else read_table(arg[2]);
|
||||
|
||||
// ensure I,J args are * *
|
||||
|
||||
if (strcmp(arg[0],"*") != 0 || strcmp(arg[1],"*") != 0)
|
||||
error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients second");
|
||||
|
||||
if (narg > 5 + atom->ntypes) {
|
||||
if(strstr(arg[5+atom->ntypes],"table")!=NULL)
|
||||
table=1;
|
||||
else if(strstr(arg[5+atom->ntypes],"no_a")!=NULL)
|
||||
a_flag=1;
|
||||
else
|
||||
error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
|
||||
}
|
||||
if (narg > 6 + atom->ntypes) {
|
||||
if(strstr(arg[6+atom->ntypes],"table")!=NULL)
|
||||
table=1;
|
||||
else if(strstr(arg[6+atom->ntypes],"no_a")!=NULL)
|
||||
a_flag=1;
|
||||
else
|
||||
error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
|
||||
}
|
||||
for(i=0;i<atom->ntypes;i++) {
|
||||
if(strstr(arg[5+i],"table")!=NULL)
|
||||
error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
|
||||
if(strstr(arg[5+i],"no_a")!=NULL)
|
||||
error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
|
||||
}
|
||||
|
||||
if(table==0) {
|
||||
read_file(arg[2]);
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
read_table(arg[2]);
|
||||
}
|
||||
if(me==0) {
|
||||
if(narg==5+atom->ntypes) {
|
||||
for (i = 5; i < narg; i++) {
|
||||
if (strcmp(arg[i],"NULL") == 0) {
|
||||
map[i-4] = -1;
|
||||
continue;
|
||||
}
|
||||
for (j = 0; j < bop_types; j++)
|
||||
if (strcmp(arg[i],words[j]) == 0) break;
|
||||
map[i-4] = j;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
for (i = 5; i < 5+atom->ntypes; i++) {
|
||||
if (strcmp(arg[i],"NULL") == 0) {
|
||||
map[i-4] = -1;
|
||||
continue;
|
||||
}
|
||||
for (j = 0; j < bop_types; j++) {
|
||||
if (strcmp(arg[i],words[j]) == 0) break;
|
||||
}
|
||||
map[i-4] = j;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
MPI_Bcast(&map[0],atom->ntypes+1,MPI_INT,0,world);
|
||||
if(strstr(arg[4],"off")!=NULL)
|
||||
otfly=0;
|
||||
else if(strstr(arg[4],"on")!=NULL)
|
||||
otfly=1;
|
||||
else
|
||||
error->all(FLERR,"Incorrect args for BOP on the fly settings");
|
||||
|
||||
// read potential file and initialize fitting splines
|
||||
|
||||
if(table==0) {
|
||||
if (table == 0) {
|
||||
setPbetaS();
|
||||
setPbetaP();
|
||||
setPrepul();
|
||||
setSign();
|
||||
}
|
||||
n = atom->ntypes;
|
||||
for(int i = 1; i<=n; i++)
|
||||
for(int j =i;j<=n;j++)
|
||||
setflag[i][j] = 0;
|
||||
|
||||
int count =0;
|
||||
for( int i = 1;i<= n;i++)
|
||||
for( int j = i; j <= n; j++) {
|
||||
if (map[i] >= 0 && map[j] >= 0) {
|
||||
setflag[i][j] = 1;
|
||||
count++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
if (count == 0) error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
|
||||
if(me==0) {
|
||||
if (words) {
|
||||
for (i = 0; i < bop_types; i++) delete [] words[i];
|
||||
delete[] words;
|
||||
// match elements to BOP word types
|
||||
|
||||
if (me == 0) {
|
||||
for (i = 3; i < narg; i++) {
|
||||
if (strcmp(arg[i],"NULL") == 0) {
|
||||
map[i-2] = -1;
|
||||
continue;
|
||||
}
|
||||
for (j = 0; j < bop_types; j++)
|
||||
if (strcmp(arg[i],words[j]) == 0) break;
|
||||
map[i-2] = j;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
MPI_Bcast(&map[1],atom->ntypes,MPI_INT,0,world);
|
||||
|
||||
if (me == 0) {
|
||||
if (words) {
|
||||
for (i = 0; i < bop_types; i++) delete [] words[i];
|
||||
delete [] words;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
// clear setflag since coeff() called once with I,J = * *
|
||||
|
||||
n = atom->ntypes;
|
||||
for (int i = 1; i <= n; i++)
|
||||
for (int j = i; j <= n; j++)
|
||||
setflag[i][j] = 0;
|
||||
|
||||
// set setflag i,j for type pairs where both are mapped to elements
|
||||
|
||||
int count = 0;
|
||||
for (int i = 1; i <= n; i++)
|
||||
for (int j = i; j <= n; j++)
|
||||
if (map[i] >= 0 && map[j] >= 0) {
|
||||
setflag[i][j] = 1;
|
||||
count++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (count == 0) error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
|
|
@ -651,7 +614,7 @@ void PairBOP::init_style()
|
|||
if (force->newton_pair == 0)
|
||||
error->all(FLERR,"Pair style BOP requires newton pair on");
|
||||
|
||||
// need a full neighbor list
|
||||
// need a full neighbor list and neighbors of ghosts
|
||||
|
||||
int irequest = neighbor->request(this);
|
||||
neighbor->requests[irequest]->half = 0;
|
||||
|
|
@ -659,6 +622,8 @@ void PairBOP::init_style()
|
|||
neighbor->requests[irequest]->ghost = 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
double PairBOP::init_one(int i, int j)
|
||||
{
|
||||
int ij;
|
||||
|
|
@ -746,6 +711,8 @@ void PairBOP::gneigh()
|
|||
maxnall=nall;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::theta()
|
||||
{
|
||||
int i,j,k,ii,jj,kk;
|
||||
|
|
@ -889,6 +856,8 @@ void PairBOP::theta()
|
|||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::theta_mod()
|
||||
{
|
||||
if(update_list!=0)
|
||||
|
|
@ -897,6 +866,8 @@ void PairBOP::theta_mod()
|
|||
memory_theta_create();
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
/* The formulation differs slightly to avoid negative square roots
|
||||
in the calculation of Sigma^(1/2) of (a) Eq. 6 and (b) Eq. 11 */
|
||||
|
||||
|
|
@ -2513,6 +2484,8 @@ void PairBOP::sigmaBo()
|
|||
destroy_sigma();
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::sigmaBo_noa()
|
||||
{
|
||||
int nb_t,new_n_tot;
|
||||
|
|
@ -3551,6 +3524,8 @@ void PairBOP::sigmaBo_noa()
|
|||
}
|
||||
destroy_sigma();
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
/* The formulation differs slightly to avoid negative square roots
|
||||
in the calculation of Theta_pi,ij of (a) Eq. 36 and (b) Eq. 18 */
|
||||
|
|
@ -5530,6 +5505,8 @@ void PairBOP::sigmaBo_otf()
|
|||
destroy_sigma();
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
/* The formulation differs slightly to avoid negative square roots
|
||||
in the calculation of Theta_pi,ij of (a) Eq. 36 and (b) Eq. 18
|
||||
see (d) */
|
||||
|
|
@ -6821,6 +6798,8 @@ void PairBOP::sigmaBo_noa_otf()
|
|||
destroy_sigma();
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::PiBo()
|
||||
{
|
||||
int new_n_tot;
|
||||
|
|
@ -7617,6 +7596,8 @@ void PairBOP::PiBo()
|
|||
destroy_pi();
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::PiBo_otf()
|
||||
{
|
||||
int new_n_tot;
|
||||
|
|
@ -8569,7 +8550,6 @@ void PairBOP::PiBo_otf()
|
|||
destroy_pi();
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
read BOP potential file
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
|
@ -8803,6 +8783,8 @@ void PairBOP::read_file(char *filename)
|
|||
MPI_Bcast(&rdr[0],npairs,MPI_DOUBLE,0,world);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::read_table(char *filename)
|
||||
{
|
||||
int i,j,k,n;
|
||||
|
|
@ -9080,6 +9062,8 @@ void PairBOP::read_table(char *filename)
|
|||
MPI_Bcast(&FsigBO6[0][0],npairs*nBOt,MPI_DOUBLE,0,world);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::setPbetaS()
|
||||
{
|
||||
int i,j,k;
|
||||
|
|
@ -9140,6 +9124,8 @@ void PairBOP::setPbetaS()
|
|||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::setPbetaP()
|
||||
{
|
||||
int i,j,k;
|
||||
|
|
@ -9198,6 +9184,8 @@ void PairBOP::setPbetaP()
|
|||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::setPrepul()
|
||||
{
|
||||
int i,j,k;
|
||||
|
|
@ -9256,6 +9244,8 @@ void PairBOP::setPrepul()
|
|||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
double PairBOP::betaSfunc(int i,double r)
|
||||
{
|
||||
double temp_value;
|
||||
|
|
@ -9272,6 +9262,8 @@ double PairBOP::betaSfunc(int i,double r)
|
|||
return(temp_value);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
double PairBOP::dBetaSfunc(int i,double r,double value,double dmore)
|
||||
{
|
||||
double temp_dvalue;
|
||||
|
|
@ -9289,6 +9281,7 @@ double PairBOP::dBetaSfunc(int i,double r,double value,double dmore)
|
|||
return(temp_dvalue);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
double PairBOP::betaPfunc(int i,double r)
|
||||
{
|
||||
|
|
@ -9306,6 +9299,8 @@ double PairBOP::betaPfunc(int i,double r)
|
|||
return(temp_value);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
double PairBOP::dBetaPfunc(int i,double r,double value,double dmore)
|
||||
{
|
||||
double temp_dvalue;
|
||||
|
|
@ -9322,6 +9317,8 @@ double PairBOP::dBetaPfunc(int i,double r,double value,double dmore)
|
|||
return(temp_dvalue);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
double PairBOP::repulfunc(int i,double r)
|
||||
{
|
||||
double temp_value;
|
||||
|
|
@ -9338,6 +9335,8 @@ double PairBOP::repulfunc(int i,double r)
|
|||
return(temp_value);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
double PairBOP::dRepulfunc(int i,double r,double value,double dmore)
|
||||
{
|
||||
double temp_dvalue;
|
||||
|
|
@ -9354,6 +9353,8 @@ double PairBOP::dRepulfunc(int i,double r,double value,double dmore)
|
|||
return(temp_dvalue);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::setSign()
|
||||
{
|
||||
int i,j,k;
|
||||
|
|
@ -9415,6 +9416,8 @@ void PairBOP::setSign()
|
|||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
double PairBOP::cutoff(double rp,double vrcut,int mode,double r)
|
||||
{
|
||||
double tmp,tmp_beta,tmp_alpha,cut_store;
|
||||
|
|
@ -9433,7 +9436,6 @@ double PairBOP::cutoff(double rp,double vrcut,int mode,double r)
|
|||
return(cut_store);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
memory usage of local atom-based arrays
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
|
@ -9651,6 +9653,8 @@ double PairBOP::memory_usage()
|
|||
return bytes;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::memory_theta_create()
|
||||
{
|
||||
int nlocal,nghost,nall;
|
||||
|
|
@ -9687,6 +9691,8 @@ void PairBOP::memory_theta_create()
|
|||
update_list=1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::memory_theta_grow()
|
||||
{
|
||||
int nlocal,nghost,nall;
|
||||
|
|
@ -9723,6 +9729,8 @@ void PairBOP::memory_theta_grow()
|
|||
update_list=1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::memory_theta_destroy()
|
||||
{
|
||||
|
||||
|
|
@ -9749,6 +9757,8 @@ void PairBOP::memory_theta_destroy()
|
|||
update_list=0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::create_pi(int n_tot)
|
||||
{
|
||||
bt_pi = (B_PI *) memory->smalloc(n_tot*sizeof(B_PI),"BOP:bt_pi");
|
||||
|
|
@ -9773,6 +9783,8 @@ void PairBOP::destroy_sigma()
|
|||
allocate_sigma=0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::grow_pi(int n1, int n2)
|
||||
{
|
||||
int i,j;
|
||||
|
|
@ -9813,6 +9825,8 @@ void PairBOP::grow_pi(int n1, int n2)
|
|||
memory->destroy(bt_temp);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void PairBOP::grow_sigma(int n1,int n2)
|
||||
{
|
||||
int i,j;
|
||||
|
|
|
|||
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