forked from lijiext/lammps
provide more simulator model variant input examples
This commit is contained in:
Axel Kohlmeyer
parent
264f6e1630
commit
4619018ead
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@ -0,0 +1,118 @@
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# VOH example
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100 atoms
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4 atom types
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0 25.000 zlo zhi
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Masses
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1 1.0080
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2 12.0107
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3 15.9994
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4 50.9415
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Atoms
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||||
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|
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|
||||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||||
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|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
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|
||||||
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|
||||||
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|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
100 1 0.0 14.35123 9.68789 18.64825
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1,24 @@
|
||||||
|
# REAX potential for VOH system
|
||||||
|
# .....
|
||||||
|
|
||||||
|
units real
|
||||||
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atom_style charge
|
||||||
|
|
||||||
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kim_style init Sim_LAMMPS_ReaxFF_ChenowethVanDuinPersson_2008_CHOV__SM_429148913211_000
|
||||||
|
|
||||||
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read_data data.VOH
|
||||||
|
|
||||||
|
kim_style define NULL H C O V
|
||||||
|
|
||||||
|
neighbor 2 bin
|
||||||
|
neigh_modify every 10 delay 0 check no
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 1 all nve
|
||||||
|
fix 2 all qeq/reax 1 0.0 10.0 1e-6 param.qeq
|
||||||
|
fix 3 all temp/berendsen 500.0 500.0 100.0
|
||||||
|
|
||||||
|
timestep 0.25
|
||||||
|
|
||||||
|
#dump 1 all atom 30 dump.reax.voh
|
||||||
|
|
||||||
|
run 300
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1,69 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
units metal
|
||||||
|
kim_style init ex_sim_model_Si_mod_tersoff
|
||||||
|
|
||||||
|
atom_style atomic
|
||||||
|
atom_modify map array
|
||||||
|
boundary p p p
|
||||||
|
|
||||||
|
# temperatures
|
||||||
|
variable tlo equal 1800.0
|
||||||
|
variable thi equal 2400.0
|
||||||
|
|
||||||
|
# coordination number cutoff
|
||||||
|
|
||||||
|
variable r equal 2.835
|
||||||
|
|
||||||
|
# minimization parameters
|
||||||
|
|
||||||
|
variable etol equal 1.0e-5
|
||||||
|
variable ftol equal 1.0e-5
|
||||||
|
variable maxiter equal 100
|
||||||
|
variable maxeval equal 100
|
||||||
|
variable dmax equal 1.0e-1
|
||||||
|
|
||||||
|
# diamond unit cell
|
||||||
|
|
||||||
|
variable a equal 5.431
|
||||||
|
lattice custom $a &
|
||||||
|
a1 1.0 0.0 0.0 &
|
||||||
|
a2 0.0 1.0 0.0 &
|
||||||
|
a3 0.0 0.0 1.0 &
|
||||||
|
basis 0.0 0.0 0.0 &
|
||||||
|
basis 0.0 0.5 0.5 &
|
||||||
|
basis 0.5 0.0 0.5 &
|
||||||
|
basis 0.5 0.5 0.0 &
|
||||||
|
basis 0.25 0.25 0.25 &
|
||||||
|
basis 0.25 0.75 0.75 &
|
||||||
|
basis 0.75 0.25 0.75 &
|
||||||
|
basis 0.75 0.75 0.25
|
||||||
|
|
||||||
|
region myreg block 0 4 &
|
||||||
|
0 4 &
|
||||||
|
0 4
|
||||||
|
create_box 1 myreg
|
||||||
|
create_atoms 1 region myreg
|
||||||
|
|
||||||
|
mass 1 28.06
|
||||||
|
|
||||||
|
group Si type 1
|
||||||
|
|
||||||
|
velocity all create ${thi} 5287286 mom yes rot yes dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
|
# make a vacancy
|
||||||
|
|
||||||
|
group del id 300
|
||||||
|
delete_atoms group del
|
||||||
|
kim_style define ex_sim_model_Si_mod_tersoff Si
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 10
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 1 all nve
|
||||||
|
fix 2 all langevin ${thi} ${thi} 0.1 48278
|
||||||
|
|
||||||
|
timestep 1.0e-3
|
||||||
|
neighbor 1.0 bin
|
||||||
|
neigh_modify every 1 delay 10 check yes
|
||||||
|
|
||||||
|
run 100
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -0,0 +1,69 @@
|
||||||
|
|
||||||
|
units metal
|
||||||
|
kim_style init ex_sim_model_Si_mod_tersoff
|
||||||
|
|
||||||
|
atom_style atomic
|
||||||
|
atom_modify map array
|
||||||
|
boundary p p p
|
||||||
|
|
||||||
|
# temperatures
|
||||||
|
variable tlo equal 1800.0
|
||||||
|
variable thi equal 2400.0
|
||||||
|
|
||||||
|
# coordination number cutoff
|
||||||
|
|
||||||
|
variable r equal 2.835
|
||||||
|
|
||||||
|
# minimization parameters
|
||||||
|
|
||||||
|
variable etol equal 1.0e-5
|
||||||
|
variable ftol equal 1.0e-5
|
||||||
|
variable maxiter equal 100
|
||||||
|
variable maxeval equal 100
|
||||||
|
variable dmax equal 1.0e-1
|
||||||
|
|
||||||
|
# diamond unit cell
|
||||||
|
|
||||||
|
variable a equal 5.431
|
||||||
|
lattice custom $a &
|
||||||
|
a1 1.0 0.0 0.0 &
|
||||||
|
a2 0.0 1.0 0.0 &
|
||||||
|
a3 0.0 0.0 1.0 &
|
||||||
|
basis 0.0 0.0 0.0 &
|
||||||
|
basis 0.0 0.5 0.5 &
|
||||||
|
basis 0.5 0.0 0.5 &
|
||||||
|
basis 0.5 0.5 0.0 &
|
||||||
|
basis 0.25 0.25 0.25 &
|
||||||
|
basis 0.25 0.75 0.75 &
|
||||||
|
basis 0.75 0.25 0.75 &
|
||||||
|
basis 0.75 0.75 0.25
|
||||||
|
|
||||||
|
region myreg block 0 4 &
|
||||||
|
0 4 &
|
||||||
|
0 4
|
||||||
|
create_box 1 myreg
|
||||||
|
create_atoms 1 region myreg
|
||||||
|
|
||||||
|
mass 1 28.06
|
||||||
|
|
||||||
|
group Si type 1
|
||||||
|
|
||||||
|
velocity all create ${thi} 5287286 mom yes rot yes dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
|
# make a vacancy
|
||||||
|
|
||||||
|
group del id 300
|
||||||
|
delete_atoms group del
|
||||||
|
kim_style define NULL Si
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 10
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 1 all nve
|
||||||
|
fix 2 all langevin ${thi} ${thi} 0.1 48278
|
||||||
|
|
||||||
|
timestep 1.0e-3
|
||||||
|
neighbor 1.0 bin
|
||||||
|
neigh_modify every 1 delay 10 check yes
|
||||||
|
|
||||||
|
run 100
|
||||||
|
|
||||||
|
|
@ -16,18 +16,19 @@ variable zz equal 20*$z
|
||||||
|
|
||||||
units metal
|
units metal
|
||||||
atom_style atomic
|
atom_style atomic
|
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newton on
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lattice fcc 4.4300
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lattice fcc 4.4300
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region box block 0 ${xx} 0 ${yy} 0 ${zz}
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region box block 0 ${xx} 0 ${yy} 0 ${zz}
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create_box 2 box
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create_box 1 box
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create_atoms 1 box
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create_atoms 1 box
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#pair_style lj/cut 8.1500
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#pair_style lj/cut 8.1500
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#pair_coeff 1 1 0.0104 3.4000
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#pair_coeff 1 1 0.0104 3.4000
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kim_style define ex_sim_model_Si_mod_tersoff Si Si
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kim_style define LennardJones_Ar Ar
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mass * 39.95
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mass 1 39.95
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velocity all create 200.0 232345 loop geom
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velocity all create 200.0 232345 loop geom
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neighbor 0.3 bin
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neighbor 0.3 bin
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