forked from lijiext/lammps
reran npt_biaxial examples
This commit is contained in:
David Nicholson
parent
588b2534c9
commit
1dffb0cf82
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|
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8400 4.8414338 4.8925143 9.3653631
|
||||
8450 5.5087429 4.7830361 10.831666
|
||||
8500 5.2678146 5.1697789 9.9105782
|
||||
8550 5.1211843 4.9097801 9.4165956
|
||||
8600 5.8239149 5.0821022 10.803261
|
||||
8650 5.3620154 5.5831747 11.16202
|
||||
8700 5.1625813 4.8791404 10.537681
|
||||
8750 4.5622461 5.0157549 10.013227
|
||||
8800 4.4051517 5.0224553 9.6364273
|
||||
8850 4.1711629 4.635617 8.5470244
|
||||
8900 4.7049907 5.2458435 10.100728
|
||||
8950 4.8568883 5.2360772 9.2306469
|
||||
9000 5.0091899 5.2203574 10.718541
|
||||
9050 5.1037824 4.9022451 10.24271
|
||||
9100 5.0789015 4.9331454 9.173614
|
||||
9150 5.3865455 5.3427553 11.40199
|
||||
9200 5.5089482 5.9423232 10.976063
|
||||
9250 5.1353552 5.0650262 10.040607
|
||||
9300 4.6761948 4.9155175 9.6413722
|
||||
9350 4.4780834 4.3934708 8.7049819
|
||||
9400 4.2561799 4.7906324 9.046134
|
||||
9450 5.6162819 5.2881846 9.9040868
|
||||
9500 5.7554547 5.6111262 10.23849
|
||||
9550 5.4230462 5.5656045 10.908006
|
||||
9600 5.5045685 4.9818892 9.8929535
|
||||
9650 5.0541481 5.0183351 9.5226021
|
||||
9700 4.9712829 5.2395398 9.9996693
|
||||
9750 5.0960017 5.4419775 10.914719
|
||||
9800 5.0790688 5.6378474 10.00789
|
||||
9850 4.9661747 5.114502 9.4585052
|
||||
9900 5.0133498 4.7456254 9.4572653
|
||||
9950 5.3318846 4.6643122 10.096292
|
||||
10000 5.2227687 4.8924305 9.5894615
|
||||
Loop time of 4.78247 on 1 procs for 10000 steps with 500 atoms
|
||||
|
||||
Performance: 1152718.368 tau/day, 2668.330 timesteps/s
|
||||
99.4% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||
Performance: 903298.340 tau/day, 2090.968 timesteps/s
|
||||
99.2% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||
|
||||
MPI task timing breakdown:
|
||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||
---------------------------------------------------------------
|
||||
Pair | 0.64903 | 0.64903 | 0.64903 | 0.0 | 17.32
|
||||
Neigh | 2.2534 | 2.2534 | 2.2534 | 0.0 | 60.13
|
||||
Comm | 0.22293 | 0.22293 | 0.22293 | 0.0 | 5.95
|
||||
Output | 0.0034931 | 0.0034931 | 0.0034931 | 0.0 | 0.09
|
||||
Modify | 0.53533 | 0.53533 | 0.53533 | 0.0 | 14.28
|
||||
Other | | 0.08346 | | | 2.23
|
||||
Pair | 0.73894 | 0.73894 | 0.73894 | 0.0 | 15.45
|
||||
Neigh | 2.9092 | 2.9092 | 2.9092 | 0.0 | 60.83
|
||||
Comm | 0.32306 | 0.32306 | 0.32306 | 0.0 | 6.76
|
||||
Output | 0.003392 | 0.003392 | 0.003392 | 0.0 | 0.07
|
||||
Modify | 0.6959 | 0.6959 | 0.6959 | 0.0 | 14.55
|
||||
Other | | 0.112 | | | 2.34
|
||||
|
||||
Nlocal: 500 ave 500 max 500 min
|
||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||
Nghost: 919 ave 919 max 919 min
|
||||
Nghost: 905 ave 905 max 905 min
|
||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||
Neighs: 3662 ave 3662 max 3662 min
|
||||
Neighs: 3340 ave 3340 max 3340 min
|
||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||
|
||||
Total # of neighbors = 3662
|
||||
Ave neighs/atom = 7.324
|
||||
Neighbor list builds = 4480
|
||||
Total # of neighbors = 3340
|
||||
Ave neighs/atom = 6.68
|
||||
Neighbor list builds = 4580
|
||||
Dangerous builds = 0
|
||||
|
||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
|
||||
|
||||
Total wall time: 0:00:03
|
||||
Total wall time: 0:00:04
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -52,233 +52,233 @@ Neighbor list info ...
|
|||
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 2.71 | 2.71 | 2.71 Mbytes
|
||||
Step c_1_press[1] c_1_press[2] c_1_press[3]
|
||||
0 6.3937851 7.0436438 6.4461087
|
||||
50 8.656807 7.9950197 15.884241
|
||||
100 11.492654 12.329741 17.658703
|
||||
150 8.6981119 8.6206624 14.114117
|
||||
200 6.1456927 6.4457399 11.199275
|
||||
250 5.5832485 5.5648091 10.400142
|
||||
300 6.1328799 6.3010248 12.010437
|
||||
350 7.1731722 7.5434426 14.588724
|
||||
400 9.3347098 8.6490053 16.710495
|
||||
450 9.5796766 8.9745197 18.230488
|
||||
500 8.4810279 7.6334377 15.050771
|
||||
550 6.5621497 7.401369 12.711355
|
||||
600 6.5868791 6.4912059 13.361745
|
||||
650 7.8188208 7.1180707 14.27939
|
||||
700 7.6714427 7.8664221 14.845323
|
||||
750 7.1545214 8.1596642 14.255973
|
||||
800 8.1950867 8.6441653 15.642584
|
||||
850 8.5624856 8.4004153 15.303218
|
||||
900 7.2513726 7.522694 12.951416
|
||||
950 6.9147537 7.4166804 13.712135
|
||||
1000 7.9356647 7.9447497 14.787788
|
||||
1050 8.0049909 8.3262071 15.736553
|
||||
1100 7.47785 7.8850623 15.063921
|
||||
1150 7.5982542 7.3264305 14.300792
|
||||
1200 7.7141298 7.2955704 14.347839
|
||||
1250 7.421808 7.0057566 13.701565
|
||||
1300 8.0349263 7.8960785 14.360692
|
||||
1350 7.6034411 8.1859894 15.296327
|
||||
1400 7.7403226 7.7959668 15.155558
|
||||
1450 8.0224022 7.2883482 14.979638
|
||||
1500 7.4472686 7.4123823 14.065575
|
||||
1550 7.8838674 7.3268327 14.0089
|
||||
1600 7.7051065 7.6970609 15.025602
|
||||
1650 8.3761114 7.8808173 16.143239
|
||||
1700 7.8493638 7.9974325 15.369229
|
||||
1750 6.7616091 6.9586731 13.253666
|
||||
1800 6.7881829 6.4387333 13.293849
|
||||
1850 7.4819924 8.113677 15.259022
|
||||
1900 7.7619407 7.345373 14.252099
|
||||
1950 9.1160797 8.6024027 16.442885
|
||||
2000 8.8133522 8.1946233 15.676227
|
||||
2050 7.9252468 7.5817269 14.615024
|
||||
2100 7.3824657 7.2766684 15.063532
|
||||
2150 6.8894956 6.7372708 13.607409
|
||||
2200 7.039392 6.685916 13.545476
|
||||
2250 8.0218429 7.5526941 15.263216
|
||||
2300 8.0069299 7.9230893 16.349675
|
||||
2350 7.8564415 8.2913478 14.62257
|
||||
2400 7.4027437 7.0289244 14.244477
|
||||
2450 8.1596868 6.9974968 13.956696
|
||||
2500 7.3792516 6.7751363 13.897864
|
||||
2550 8.7661201 7.9457114 15.3879
|
||||
2600 8.3077502 7.4606043 15.518229
|
||||
2650 7.5270266 8.1888278 14.833414
|
||||
2700 7.9433204 7.872351 15.415577
|
||||
2750 6.9284646 7.2785928 14.175083
|
||||
2800 7.5239578 7.4370418 13.774583
|
||||
2850 6.8456524 7.1993417 13.82663
|
||||
2900 7.9547454 7.8797239 14.967569
|
||||
2950 8.1366854 7.989168 15.722064
|
||||
3000 7.7915591 7.7902194 14.887574
|
||||
3050 8.3076915 8.5022034 15.966604
|
||||
3100 7.3679745 7.2951683 15.032507
|
||||
3150 6.3983597 7.1922179 14.248095
|
||||
3200 7.3135998 7.6677326 14.588216
|
||||
3250 7.7051677 7.4126323 13.935215
|
||||
3300 7.8377055 7.7808126 15.481713
|
||||
3350 8.4304815 8.5666028 14.52102
|
||||
3400 8.090996 7.722647 15.150921
|
||||
3450 8.3389456 7.5739975 14.33015
|
||||
3500 7.6623037 7.2930598 14.361376
|
||||
3550 7.6117545 6.9106485 13.851755
|
||||
3600 7.1508283 7.6269826 13.535534
|
||||
3650 7.4910852 7.9176295 15.691413
|
||||
3700 8.4802801 8.6324769 16.762136
|
||||
3750 7.022402 7.3282804 14.110888
|
||||
3800 7.5627539 7.0503911 14.55662
|
||||
3850 7.2787215 7.2608067 15.046768
|
||||
3900 7.5355799 6.4532442 14.167082
|
||||
3950 8.048962 7.8525579 15.059109
|
||||
4000 7.3175513 8.1005178 14.269317
|
||||
4050 7.520408 8.2682863 14.522748
|
||||
4100 7.6146474 7.7910616 15.199754
|
||||
4150 7.3099191 7.3588162 14.685704
|
||||
4200 7.7659083 7.2886996 14.33525
|
||||
4250 7.5326919 7.4415236 13.874457
|
||||
4300 7.6950275 8.0507821 14.302796
|
||||
4350 7.7170173 8.8246914 14.911061
|
||||
4400 8.0055097 8.4924898 16.225929
|
||||
4450 7.4405645 8.6425584 14.0991
|
||||
4500 6.4050093 6.813939 13.138703
|
||||
4550 6.47962 7.1644972 14.236311
|
||||
4600 7.8672141 7.2404922 15.653959
|
||||
4650 8.1942529 7.4061361 14.232369
|
||||
4700 7.8827633 7.9150952 15.400505
|
||||
4750 7.5095565 7.5093531 15.016387
|
||||
4800 7.75753 7.5830004 14.189254
|
||||
4850 7.840715 7.4954187 15.121937
|
||||
4900 7.5058956 7.5009855 13.389342
|
||||
4950 7.9778116 7.5810052 14.869835
|
||||
5000 8.0941013 7.5222021 15.321999
|
||||
5050 8.6041139 8.3498159 16.208856
|
||||
5100 7.8357702 7.8500124 14.954782
|
||||
5150 8.1036917 7.5357815 15.714879
|
||||
5200 7.4868525 7.4885485 14.167469
|
||||
5250 6.9392666 6.3711563 13.014779
|
||||
5300 7.7294001 7.5681854 14.60363
|
||||
5350 8.2947591 7.5597033 15.076707
|
||||
5400 7.8365134 8.3559985 14.451289
|
||||
5450 7.6577176 7.8573581 14.649332
|
||||
5500 7.6344288 7.6731281 14.411212
|
||||
5550 7.2854884 7.2377463 14.580478
|
||||
5600 7.6332558 7.5037409 14.809068
|
||||
5650 7.2491454 7.5479013 15.196638
|
||||
5700 7.5027918 8.0434388 14.006705
|
||||
5750 8.4679702 7.2893309 15.600406
|
||||
5800 8.11675 8.7790839 15.150116
|
||||
5850 7.8571033 7.1044939 14.730559
|
||||
5900 7.4555155 6.8841813 13.743156
|
||||
5950 7.4269873 7.4363562 13.722307
|
||||
6000 7.014144 7.2841802 14.010536
|
||||
6050 8.2802859 8.741796 16.724881
|
||||
6100 7.9607544 8.2594316 14.965005
|
||||
6150 7.7505098 7.6437264 14.941281
|
||||
6200 7.2637841 7.2845655 14.922083
|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
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|
||||
5050 5.1098462 4.7349164 9.8739001
|
||||
5100 5.1989395 5.0217416 9.8780949
|
||||
5150 5.612116 5.2165007 10.338464
|
||||
5200 5.0571356 5.3109846 10.685262
|
||||
5250 5.4832657 5.0371665 8.9420853
|
||||
5300 4.5312549 4.9629392 8.2478064
|
||||
5350 5.1617038 5.0533699 10.452218
|
||||
5400 5.7873394 5.6776926 11.926526
|
||||
5450 5.7002516 5.243239 10.940265
|
||||
5500 4.7896799 4.898544 10.163856
|
||||
5550 4.9155627 4.9567495 9.4445476
|
||||
5600 4.2447343 4.5045912 8.7732992
|
||||
5650 5.070197 4.7343938 9.9908239
|
||||
5700 4.9609446 5.0901934 10.812786
|
||||
5750 5.4001631 5.5552888 10.085896
|
||||
5800 5.4209837 4.7153245 9.6865245
|
||||
5850 4.9801041 5.180338 9.8930439
|
||||
5900 5.3423595 5.2341361 10.294159
|
||||
5950 5.683047 5.6830131 10.24313
|
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6000 5.0618789 5.4533644 10.713412
|
||||
6050 5.4034888 4.6341621 10.031976
|
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6100 5.1934299 4.7525347 9.1287151
|
||||
6150 5.0092398 4.806931 10.024305
|
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6200 5.3046516 5.3083532 9.6396223
|
||||
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|
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6300 5.3007029 5.0071874 11.175322
|
||||
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|
||||
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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7900 5.1971759 5.0615117 9.9614488
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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8950 4.9531983 5.0517321 9.7838444
|
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|
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|
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9150 5.1003677 5.1555374 10.049056
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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9750 4.6851974 4.3152085 8.825764
|
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|
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|
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10000 4.6429923 5.0853156 9.4267693
|
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Loop time of 3.06414 on 4 procs for 10000 steps with 500 atoms
|
||||
|
||||
Performance: 2853736.392 tau/day, 6605.871 timesteps/s
|
||||
98.4% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||
Performance: 1409858.531 tau/day, 3263.561 timesteps/s
|
||||
99.4% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||
|
||||
MPI task timing breakdown:
|
||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||
---------------------------------------------------------------
|
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Pair | 0.16778 | 0.17518 | 0.17885 | 1.0 | 11.57
|
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Neigh | 0.55898 | 0.57272 | 0.59026 | 1.6 | 37.83
|
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Comm | 0.31971 | 0.33993 | 0.36759 | 3.1 | 22.46
|
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Output | 0.003036 | 0.0033901 | 0.0042133 | 0.8 | 0.22
|
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Modify | 0.34512 | 0.35303 | 0.35965 | 0.9 | 23.32
|
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Other | | 0.06956 | | | 4.60
|
||||
Pair | 0.27954 | 0.30916 | 0.3866 | 8.1 | 10.09
|
||||
Neigh | 1.0657 | 1.129 | 1.2853 | 8.5 | 36.85
|
||||
Comm | 0.56334 | 0.80526 | 0.89816 | 15.6 | 26.28
|
||||
Output | 0.0032749 | 0.0041527 | 0.006541 | 2.1 | 0.14
|
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Modify | 0.6522 | 0.67016 | 0.69843 | 2.1 | 21.87
|
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Other | | 0.1464 | | | 4.78
|
||||
|
||||
Nlocal: 125 ave 132 max 121 min
|
||||
Histogram: 2 0 0 0 1 0 0 0 0 1
|
||||
Nghost: 478 ave 488 max 470 min
|
||||
Histogram: 1 1 0 0 0 0 1 0 0 1
|
||||
Neighs: 915.25 ave 981 max 889 min
|
||||
Histogram: 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1
|
||||
Nlocal: 125 ave 130 max 122 min
|
||||
Histogram: 2 0 0 0 0 1 0 0 0 1
|
||||
Nghost: 459.75 ave 470 max 448 min
|
||||
Histogram: 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1
|
||||
Neighs: 837 ave 867 max 811 min
|
||||
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 1 1
|
||||
|
||||
Total # of neighbors = 3661
|
||||
Ave neighs/atom = 7.322
|
||||
Neighbor list builds = 4485
|
||||
Total # of neighbors = 3348
|
||||
Ave neighs/atom = 6.696
|
||||
Neighbor list builds = 4589
|
||||
Dangerous builds = 0
|
||||
|
||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
|
||||
|
||||
Total wall time: 0:00:01
|
||||
Total wall time: 0:00:03
|
||||
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