diff --git a/drivers/pci/host/pci-imx6.c b/drivers/pci/host/pci-imx6.c
index d34678dc5a14..e8663a8c3406 100644
--- a/drivers/pci/host/pci-imx6.c
+++ b/drivers/pci/host/pci-imx6.c
@@ -220,18 +220,9 @@ static int imx6_pcie_assert_core_reset(struct pcie_port *pp)
 
 	regmap_update_bits(imx6_pcie->iomuxc_gpr, IOMUXC_GPR1,
 			IMX6Q_GPR1_PCIE_TEST_PD, 1 << 18);
-	regmap_update_bits(imx6_pcie->iomuxc_gpr, IOMUXC_GPR12,
-			IMX6Q_GPR12_PCIE_CTL_2, 1 << 10);
 	regmap_update_bits(imx6_pcie->iomuxc_gpr, IOMUXC_GPR1,
 			IMX6Q_GPR1_PCIE_REF_CLK_EN, 0 << 16);
 
-	/* Some boards don't have PCIe reset GPIO. */
-	if (gpio_is_valid(imx6_pcie->reset_gpio)) {
-		gpio_set_value(imx6_pcie->reset_gpio, 0);
-		msleep(100);
-		gpio_set_value(imx6_pcie->reset_gpio, 1);
-	}
-
 	return 0;
 }
 
@@ -275,6 +266,12 @@ static int imx6_pcie_deassert_core_reset(struct pcie_port *pp)
 	/* allow the clocks to stabilize */
 	usleep_range(200, 500);
 
+	/* Some boards don't have PCIe reset GPIO. */
+	if (gpio_is_valid(imx6_pcie->reset_gpio)) {
+		gpio_set_value(imx6_pcie->reset_gpio, 0);
+		msleep(100);
+		gpio_set_value(imx6_pcie->reset_gpio, 1);
+	}
 	return 0;
 
 err_pcie_axi: