gitlink-cli/examples/research/repro-audit

科研项目复现性审计（repro-audit）

把 gitlink-repro-audit Skill 包成可直接运行的科研辅助工具（子赛题四：应用 GitLink 辅助科研）：

采集 → 评估 → 报告 → 回写：用 repo +tree / file +view --raw / release +list 采集仓库结构、README 与发布信息，做八维确定性复现性检查（文档 / 许可证 / 引用 / 依赖固化 / 运行入口 / 数据说明 / 测试 / 版本固化），输出 0-100 评分卡 + A/B/C/D 等级 + 逐项修复建议，并（仅在 --apply 时）用 issue +create 把报告作为改进 tracking issue 回写。

科研赋能价值

• 课题组自查：论文投稿/开源发布前对代码仓库做复现性体检，逐项补齐
• 学术规范检查：许可证、引用信息（CITATION.cff/BibTeX）、数据可得性一次性核验
• 可进 CI：退出码 2 表示存在明显复现缺口，可作为科研仓库的发布门禁

架构图

flowchart LR
    A["repo +tree<br/>仓库顶层结构"] --> D["八维确定性评估<br/>文档/许可证/引用/依赖<br/>入口/数据说明/测试/版本固化"]
    B["file +view --raw<br/>README 内容"] --> D
    C["release +list<br/>版本发布信息"] --> D
    D --> E["0-100 评分卡<br/>A/B/C/D 等级 + 逐项证据与建议"]
    E -->|"dry-run（默认）"| F["报告落盘<br/>退出码 0/2 → 发布门禁"]
    E -->|"--apply"| G["issue +create<br/>回写改进 tracking issue"]

交付物

• scripts/repro_audit.py：完整审计闭环（纯标准库，Python ≥3.9，零第三方依赖）
• tests/test_audit.py：确定性回归护栏（7/7 全绿，同输入同分同等级）
• docs/verification.md：真实科研仓库验证证据
• examples/demo-outputs/：两个真实仓库的审计报告

快速运行（默认 dry-run，不写远端）

npm install -g @gitlink-ai/cli
gitlink-cli auth login

python3 scripts/repro_audit.py --owner <owner> --repo <repo> --output-dir outputs
# 回写改进 tracking issue（请先确认报告内容）：加 --apply

# 批量审计（实验室/课题组场景）：清单每行 owner/repo，# 为注释
python3 scripts/repro_audit.py --repos-file repos.txt --output-dir outputs
# 输出逐仓库报告 + repro-audit-summary.md 汇总排名（得分降序，退出码 2 表示存在 <70 分仓库）

已在真实科研仓库验证

见 docs/verification.md：

仓库	类型	得分	等级
GengzhaoWang/UAV-Paper	论文笔记仓库	8/100	D（复现困难，符合预期）
momomym/paper-summarizer	科研工具代码仓库	58/100	C（缺引用/数据说明/release，建议明确）

两个仓库得分区分度显著，逐项证据均可在仓库页面人工复核。

评分标准

检查项	分值	判据
README 与运行说明	15	README 存在且含运行/复现章节（仅 README 得 8）
开源许可证	15	LICENSE / COPYING
引用信息	10	CITATION.cff 或 README BibTeX
依赖清单	15	requirements.txt / environment.yml / go.mod 等
运行入口	10	Makefile / run.sh / main.py / Dockerfile / scripts
数据可得性说明	10	data 目录或 README 数据说明
测试/验证代码	10	tests 目录
版本发布	15	≥1 个 release

等级：≥85 A / ≥70 B / ≥50 C / <50 D。

依赖 file 快捷命令组（PR #330）；在其合并前可用 --cli 指向包含该命令的本地构建。