chore: 移除误提交的 __pycache__；docs(research): 补充架构图与科研场景应用报告

Co-Authored-By: Devin AI <158243242+devin-ai-integration[bot]@users.noreply.github.com>

.gitignore

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 gitlink-cli.exe
 /gitlink-cli
+__pycache__/

examples/research/repro-audit/README.md

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 - **学术规范检查**：许可证、引用信息（CITATION.cff/BibTeX）、数据可得性一次性核验
 - **可进 CI**：退出码 `2` 表示存在明显复现缺口，可作为科研仓库的发布门禁
 
+## 架构图
+
+```mermaid
+flowchart LR
+    A["repo +tree<br/>仓库顶层结构"] --> D["八维确定性评估<br/>文档/许可证/引用/依赖<br/>入口/数据说明/测试/版本固化"]
+    B["file +view --raw<br/>README 内容"] --> D
+    C["release +list<br/>版本发布信息"] --> D
+    D --> E["0-100 评分卡<br/>A/B/C/D 等级 + 逐项证据与建议"]
+    E -->|"dry-run（默认）"| F["报告落盘<br/>退出码 0/2 → 发布门禁"]
+    E -->|"--apply"| G["issue +create<br/>回写改进 tracking issue"]
+```
+
 ## 交付物
 
 - `scripts/repro_audit.py`：完整审计闭环（纯标准库，Python ≥3.9，零第三方依赖）

examples/research/repro-audit/docs/application-report.md

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+# 科研场景应用报告：基于 gitlink-cli 的科研复现性审计
+
+## 1. 科研问题背景
+
+「复现危机」是学术界公认的系统性问题：大量论文附带的代码仓库缺少依赖清单、运行说明、数据来源与版本固化，导致同行无法复现结果。科研工作者需要一个**低成本、可自动化、判据透明**的工具，在论文投稿与代码开源前完成复现性体检。
+
+## 2. 技术实现
+
+- **数据获取层**：全部通过 `gitlink-cli` 完成——`repo +tree`（仓库结构）、`file +view --raw`（README 内容）、`release +list`（版本发布），无任何直接 HTTP 调用。
+- **评估层**：八维确定性检查（README 运行说明 / 许可证 / 引用信息 / 依赖固化 / 运行入口 / 数据可得性 / 测试 / 版本发布），每项有明确判据、分值与证据输出；同输入必同输出，可进 CI。
+- **输出层**：0-100 评分卡 + A/B/C/D 等级 + 逐项修复建议；`--apply` 时用 `issue +create` 把报告回写为改进 tracking issue，形成可追踪的整改闭环。
+- **工程质量**：纯 Python 标准库（≥3.9）零第三方依赖；7 个确定性单测护栏；默认 dry-run，写操作显式开启。
+
+## 3. 科研赋能价值
+
+| 使用者 | 场景 | 价值 |
+|--------|------|------|
+| 课题组 | 论文投稿/开源发布前自查 | 逐项补齐复现要件，提升论文可信度 |
+| 实验室管理者 | 批量审计组内科研仓库 | 统一学术规范（许可证/引用/数据说明） |
+| 期刊/会议 artifact 评审 | 快速初筛 | 评分卡作为客观初审依据 |
+| CI 门禁 | 科研仓库发布流程 | 退出码 2 阻断复现缺口明显的发布 |
+
+## 4. 落地效果（生产环境实测）
+
+在 gitlink.org.cn 生产环境对真实科研类仓库验证：
+
+| 仓库 | 类型 | 得分 | 等级 | 主要缺口 |
+|------|------|------|------|----------|
+| GengzhaoWang/UAV-Paper | 论文笔记仓库 | 8/100 | D | 全维度缺失（符合预期） |
+| momomym/paper-summarizer | 科研工具代码仓库 | 58/100 | C | 引用信息、数据说明、release |
+
+区分度显著且每项证据可在仓库页面人工复核；`--apply` 回写 tracking issue 已在自有 fork 实测成功。完整证据见 [`verification.md`](verification.md)，演示输出见 [`../examples/demo-outputs/`](../examples/demo-outputs/)。
+
+## 5. 与 Skills 生态的关系
+
+- 判据与命令链沉淀为 [`gitlink-repro-audit` Skill](../../../../skills/gitlink-repro-audit/SKILL.md)，兼容 Claude Code / Cursor 等主流 AI Agent（标准 SKILL.md 规范）。
+- 与 `gitlink-doc-sync`（文档一致性）、`gitlink-license-compliance`（许可证合规）互补，共同覆盖科研仓库的学术规范维度。